Řízená evoluce enzymů na mikrofluidním čipu

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Martin Černý, Ph.D. (předseda) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (místopředseda) MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen) Ing. Helena Škutková, Ph.D. (člen) Ing. Jiří Sekora, MBA (člen) doc. Mgr. Zdenka Fohlerová, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Fohlerová položila otázku ohledně modifikace povrchu čipu a viskozity použitých olejů v experimentech. Ing. Sekora položil otázku, co je zdrojem světla a jakou roli hraje laser. Řešila jste spektrální vlastnosti gelu? Prof. Černý položil otázku, proč jste použila FPGA kartu? Měřící program je nahrán na FPGA kartu? Co znamená FPGA? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykangličtina (English)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorProkop,, Zbyněken
dc.contributor.authorKohúteková, Táňaen
dc.contributor.refereeChmelíková, Larisaen
dc.date.accessioned2023-07-17T08:59:12Z
dc.date.available2023-07-17T08:59:12Z
dc.date.created2023cs
dc.description.abstractTato práce se zaměřuje na řízenou evoluci enzymů pomocí fluorescenčně řízeného kapénkového třídení (ang. zkratka FADS) na mikrofluidním čipu. Byl sestaven nový třídicí systém, který byl validován pro vysoce výkonnou optickou detekci mikrofluidních kapének spojenou s dielektrickým tříděním. Systém byl testován pomocí dvou různých (DhaA31, ancHLD-RLuc) populací haloalkan dehalogenas (HLD) exprimovaných v buňkách Escherichia coli a jedné populace prázdného vektoru pIDR9 v poměru 5:45:50, což imituje proteinovou knihovnu. Naměřená a analyzovaná data z experimentu ukazují, že intenzity kapek ve validačním experimentu byly zaznamenány v stejném poměru jako teoretický poměr. Poté byla knihovna HLD mutantů s inzercemi a delecemi tříděna pomocí FADS, za účelem získaní 1 % nejaktivnějších variant. Program pro analýzu dat pro FADS byl programován v prostředí LabVIEW s využítím jazyka Python, s funkcemi pro počáteční analýzu, predikci prahového napětí, validaci a grafickou interpretaci dat a konečnou zprávu o experimentu.en
dc.description.abstractThis thesis focuses on the directed evolution of enzymes using Fluorescence–Activated Droplet Sorting (FADS) on a microfluidic chip. A new FADS system was constructed, validated for high-throughput optical detection of microfluidic droplets, and coupled with real-time dielectrophoretic sorting. The system was benchmarked using two different populations (DhaA31, ancHLD-RLuc) of Haloalkane dehalogenases (HLD) expressed in Escherichia coli cells and one population of empty pIDR9 vector in a ratio of 5:45:50, mimicking the protein library. The collected and analyzed sorting data show that the droplet intensities were recorded in the same proportion as the theoretical ratio. The library of HLD mutants with insertions and deletions was then sorted using the system to obtain 1 % of the variants with the highest activity and the results are reported. The FADS data analyzing system was programmed in LabVIEW bundled with Python, with functions for initial analysis, prediction of threshold voltage, validation and graphical interpretation of data, and final reporting of processes.cs
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationKOHÚTEKOVÁ, T. Řízená evoluce enzymů na mikrofluidním čipu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.cs
dc.identifier.other150807cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/212570
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectTřízení knihoven na čipuen
dc.subjectřízená evoluceen
dc.subjectdehalogenasyen
dc.subjectmikrofluidikaen
dc.subjectLibrary sortingcs
dc.subjectdirected evolutioncs
dc.subjectlab-on-chipcs
dc.subjectdehalogenasecs
dc.subjectFADScs
dc.subjectmicrofluidicscs
dc.titleŘízená evoluce enzymů na mikrofluidním čipuen
dc.title.alternativeDirected evolution of enzymes on microfluidic chipcs
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2023-06-14cs
dcterms.modified2023-06-16-08:33:59cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid150807en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2023.07.17 10:59:12en
sync.item.modts2023.07.17 09:56:03en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
18.49 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
14.55 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_150807.html
Size:
5.5 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_150807.html
Download
Collections
2023