but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (místopředseda) doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen) Ing. Michal Hradiš, Ph.D. (člen) Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Bylo provedeno testování nástroje i na proteinech jiných než z rodiny Haloalkane Dehalogenases? Pokud ano, ověřoval jste funkčnost nástroje např. na proteinech, na kterých by uvedená FDA léčiva měla účinkovat? Narazil jste na situaci, kdy lék měl být účinný ale reálně nebyl?	cs
but.jazyk	slovenština (Slovak)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Musil, Miloš	sk
dc.contributor.author	Ježík, Andrej	sk
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	sk
dc.date.created	2021	cs
dc.description.abstract	Táto práca sa zaoberá hromadnou analýzou transportu a dokovania malých molekúl, nazývaných ligandy, vnútri proteínových tunelov. Interakcie medzi proteínom a ligandom zahŕňajú procesy ako medzibunková signalizácia, transport, metabolizmus, regulácia, génová expresia a enzýmová aktivita. Porozumenie vzájomného pôsobenia medzi týmito molekulami je dôležitou súčasťou pri hľadaní nových liečiv. Procedúra proteín-ligand dokovania zahŕňa nasledujúce kroky: (i) nájdenie štruktúry proteínu (receptoru) a ligandu, (ii) identi-fikácia väzobných miest ligandu, (iii) zváženie flexibility ligandu a proteínu, a (iv) vypočet energie interakcie. V snahe zefektívniť danú procedúru pre veľké sety ligandov, bola v nástroji CaverWeb pridaná funkcionalita, ktorá umožní hromadnú analýzu dokovania ligandov do vybraného proteínu s kompletnou sadou liečiv, ktoré budú predspracované, čo umožní efektívnejší a plynulejší pracovný tok.	sk
dc.description.abstract	This thesis discusses large-scale analysis of the ligand transport and docking inside of the protein tunnels. Protein-ligand interactions are involved in processes such as cell signalling, transport, metabolism, regulation, gene expression, and enzyme activity. To understand the interaction between these molecules is vitally important for the research for new pharmaceuticals. The procedure of protein-ligand docking involves the following steps: (i) finding the structures of proteins (receptors) and ligands, (ii) identifying ligand binding sites, (iii) considering receptor/ligand flexibility, and (iv) computing interaction energy between the receptor and the ligand. Additional functionality will be implemented to allow CaverWeb to test a complete set of pre-processed drug ligands on a protein, in an effort to enhance the efficiency of the procedure for large sets of ligands, which will allow a much smoother workflow.	en
dc.description.mark	C	cs
dc.identifier.citation	JEŽÍK, A. Analýza transportu a dokování malých molekul uvnitř proteinových tunelů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2021.	cs
dc.identifier.other	136636	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/199450
dc.language.iso	sk	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	ligand	sk
dc.subject	proteín	sk
dc.subject	dokovanie	sk
dc.subject	skórovacie funkcie	sk
dc.subject	CaverWeb	sk
dc.subject	ligand	en
dc.subject	protein	en
dc.subject	docking	en
dc.subject	scoring functions	en
dc.subject	CaverWeb	en
dc.title	Analýza transportu a dokování malých molekul uvnitř proteinových tunelů	sk
dc.title.alternative	Large-Scale Analysis of the Ligand Transport and Docking inside of the Protein Tunels	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	bachelorThesis	en
dc.type.evskp	bakalářská práce	cs
dcterms.dateAccepted	2021-06-17	cs
dcterms.modified	2021-06-19-12:16:32	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	136636	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.18 19:37:25	en
sync.item.modts	2025.01.15 18:01:38	en
thesis.discipline	Informační technologie	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Bakalářský	cs
thesis.name	Bc.	cs

Analýza transportu a dokování malých molekul uvnitř proteinových tunelů

Files

Original bundle

Collections