but.committee	prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Ondřej Ryšavý, Ph.D. (místopředseda) Ing. František Grézl, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jan Kořenek, Ph.D. (člen) Dr. Ing. Petr Peringer (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: 1) Kapitola 3.2 ilustruje vhodnost DSMP abstrakce pomocí simulace, kde se porovnává jeden běh CTMC a jeden běh DSMP. Avšak v obou dvou případech se jedná pouze o jeden běh pravděpodobnostního systému. Nebylo by tedy vhodnější nasbírat statistiky z nekolika běhů, případně použít model checking? 2) Popište detailněji postup konstrukce DSMP ze zadané CRN. Konkrétněji, jak se určí exit rate a výstupní pravděpodobnosti pro abstraktní stav? 3) Dotaz na popis obrázku abstraktních stavů.	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Češka, Milan	en
dc.contributor.author	Bíl, Jan	en
dc.contributor.referee	Andriushchenko, Roman	en
dc.date.created	2021	cs
dc.description.abstract	Cílem této práce je poskytnout nové metody pro analýzu stochastických biochemických systémů. V práci je představena nová třída populační abstrakce založené na Diracových semi-Markovových procesech. Na této abstrakci je popsán algoritmus pro výpočet transientní analýzy a také jsou prezentovány nové časované logické formule umožňující ověření vlastností zajímavých pro biology. Dále je představen a implementován model-checking algoritmus pro tyto formule. Rovněž jsou popsány předběžné experimenty ukazující potenciál tohoto přístupu.	en
dc.description.abstract	This thesis aims on providing novel methods for analysis of stochastic bio-chemical systems. It introduces a new population abstraction based on dirac semi-Markov processes. It turned out, that this abstraction is more precise than Continuous time Markov chain abstraction. On this abstraction, analysis methods are provided. Algorithm for transient analysis over this abstraction is described and also novel timed temporal logic formulas, that allow to express interesting biological properties are presented. Further, model-checking algorithm for these formulas is proposed and implemented. Preliminary experiments showing potential of this approach are also described.	cs
dc.description.mark	C	cs
dc.identifier.citation	BÍL, J. Nové metody pro semikvantitativní analýzu biochemických systémů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2021.	cs
dc.identifier.other	136588	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/199424
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Bio-chemické systémy	en
dc.subject	Markovovy řetězce se spojitým časem	en
dc.subject	Sítě chemických reakcí	en
dc.subject	Model-checking	en
dc.subject	Bio-chemical models	cs
dc.subject	Continuous time Markov chains	cs
dc.subject	Chemical reaction networks	cs
dc.subject	Model-checking	cs
dc.title	Nové metody pro semikvantitativní analýzu biochemických systémů	en
dc.title.alternative	Novel Methods for Semi-Quantitative Analysis of Biochemical Systems	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	bachelorThesis	en
dc.type.evskp	bakalářská práce	cs
dcterms.dateAccepted	2021-06-15	cs
dcterms.modified	2021-06-19-12:15:56	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	136588	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.18 19:36:53	en
sync.item.modts	2025.01.15 13:29:49	en
thesis.discipline	Informační technologie	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav inteligentních systémů	cs
thesis.level	Bakalářský	cs
thesis.name	Bc.	cs

Nové metody pro semikvantitativní analýzu biochemických systémů

Files

Original bundle

Collections