Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů
Loading...
Date
Authors
Sikorová, Eva
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v sekvencích DNA pomocí nukleotidových denzitních vektorů. První část práce obsahuje náhled na strukturu DNA, expresi genetické informace, podrobnější rozbor CpG ostrůvku a především metody jejich detekce. V praktické části byl v prostředí MATLAB realizován algoritmus pro grafické zobrazení nukleotidů na základě jejich denzit a detekci CpG ostrůvků z uměle vytvořených i reálných sekvencí DNA. Součástí práce je analýza dvaceti sekvencí s očekávaným obsahem CpGIs a srovnání výsledků vytvořeného programu s dvěma internetovými vyhledávači.
This bachelor thesis deals with searching for CpG islands in the DNA sequences using the nucleotide density vectors. The first part includes view of the DNA structure, the genetic information expression, more detailed analysis of CpG islands and primarily their detection methods. In the practical part the algorithm for graphical representation of nucleotides on the basis of their densities and detections of CpG islands of artificially created and real DNA sequences was realized in the MATLAB program. The thesis includes the analysis of twenty sequences with the expected content of CpGIs and the comparison of results between the created program and two search engines.
This bachelor thesis deals with searching for CpG islands in the DNA sequences using the nucleotide density vectors. The first part includes view of the DNA structure, the genetic information expression, more detailed analysis of CpG islands and primarily their detection methods. In the practical part the algorithm for graphical representation of nucleotides on the basis of their densities and detections of CpG islands of artificially created and real DNA sequences was realized in the MATLAB program. The thesis includes the analysis of twenty sequences with the expected content of CpGIs and the comparison of results between the created program and two search engines.
Description
Citation
SIKOROVÁ, E. Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Aleš Drastich, CSc. (místopředseda)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen)
doc. MUDr. Iva Slaninová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2013-06-19
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Doc. Kolář položil otázku týkající se použití zvolené délky okna pro realizaci práce.
Studentka odpověděla na otázky členů komise.
Studentka obhájila bakalářskou práci.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení