Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Loading...
Date
Authors
Divila, Jaroslav
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Tato práce se zabývá návrhem a implementací nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů v sekvencích DNA. Zaměřuje se na popis DNA struktury, významu palindromů v DNA sekvencích a na popis metod pro vyhledávání přibližných palindromů. Hlavní část práce je zaměřena na návrh a popis implementace nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů.
This work deals with conception and implemetation of tools for finding approximate palindromes in DNA sequences. The work focuses on the description of DNA structure, and on the function of palindromes in DNA sequences, and on the description of methods for finding approximate palindromes. Main part of thesis is focused on conclusion and description of implementation approximate palidromes finding tool.
This work deals with conception and implemetation of tools for finding approximate palindromes in DNA sequences. The work focuses on the description of DNA structure, and on the function of palindromes in DNA sequences, and on the description of methods for finding approximate palindromes. Main part of thesis is focused on conclusion and description of implementation approximate palidromes finding tool.
Description
Keywords
DNA , přibližné palindromy , vyhledávání palindromů , vyhledávání palindromů se smyčkou , sufixové stromy , sufixová pole , dynamické programování , vlásenky , křížové struktury , DNA , approximate palindromes , palidrome detection , stem-loop detection , suffix tree , suffix array , dynamics programming , hairpin , cruciform
Citation
DIVILA, J. Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
doc. PhDr. Karel Pala (člen)
Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2012-06-20
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na doplňující dotazy přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " D ". Otázky u obhajoby: 1. Jaké jiné přístupy k filtraci výsledků než ty, které jste použil v práci by se dali ještě aplikovat? Které vlastnosti hledaných sekvencí filtraci stěžují/ulehčují?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena