Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomech papilomavirů

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Miloslav Pekař, CSc. (předseda) doc. Ing. Petr Dzik, Ph.D. (člen) doc. Ing. Zdenka Kozáková, Ph.D. (člen) prof. Mgr. Martin Vala, Ph.D. (člen) prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (místopředseda)cs
but.defenceObhajoba proběhla podle následujícího schématu: prezentace studentky-vyjádření vedoucí/ho-oponentský posudek-reakce na posudek-diskuse s komisí. Studentka přednesla výborný výtah výsledků své bakalářské práce, řádně zodpověděla všechny dotazy oponentské i členů komise, pohotově reagovala na připomínky. V diskusi tak studentka prokázala výbornou schopnost orientace v teoretických i praktických základech problematiky bakalářské práce. Komise zhodnotila její bakalářskou práci celkově jako výbornou. Kozáková: Jaký je rozdíl mezi Homo sapiens a člověkem? Obruča: Co přesně znamená G4 skóre? Pro které vlákno se skóre počítá? Pekař: Má daná práce praktické využití směrem k léčbě?cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programChemie pro medicínské aplikacecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorBrázda, Václavcs
dc.contributor.authorVyoralová, Andreacs
dc.contributor.refereeKollerová, Silviacs
dc.date.accessioned2023-07-17T08:02:46Z
dc.date.available2023-07-17T08:02:46Z
dc.date.created2023cs
dc.description.abstractPapilomaviry jsou pohlavně přenášené patogeny o délce genomu asi 8 kbp. Pravděpodobnost, že se dospělý člověk setká s nákazou papilomaviry je až 80–90 %. Ve většině případů se s infekcí vypořádá imunitní systém. U žen může však infekce vést až k rozvoji rakoviny děložního čípku. Tu způsobují vysoce rizikové lidské papilomaviry, proti nimž je dostupná vakcinace. V genomech papilomavirů byly nalezeny sekvence bohaté na guanin, ve kterých dochází k tvorbě G-kvadruplexů. Ty jsou tvořeny nad sebe naskládanými G-tetrádami a jsou stabilizovány monovalentními kationty, nejčastěji K+ a Na+. Nacházejí se například v telomerách, promotorech onkogenů, vazebných místech transkripčních faktorů a rekombinačních místech. V genomech těchto virů se rovněž nacházejí inverzní repetice (IR) složené ze sekvence nukleotidů, po níž následuje její reverzní komplement. Inverzní repetice se označují jako hotspoty genomové nestability, jelikož se skládají do vlásenkových nebo křížových struktur, které narušují replikaci DNA. K analýze genomů byl použit G4Hunter a Palindrome analyser. Analýzou bylo zjištěno, že výskyt potenciálních sekvencí tvořících G-kvadruplex (PQS) je vyšší v papilomavirech infikujících obratlovce než ve virech infikujících člověka, což je způsobeno vyšším obsahem guaninu a cytosinu, které bývají s tvorbou PQS spojovány. V genomech papilomavirů byla zjištěna vyšší frekvence výskytu PQS než u Archaea, Bacteria a Homo sapiens. Analýza IR prokázala, že je v genomech nejvyšší zastoupení nejkratších IR (6 bází) a také to, že IR o délce 25–30 bází se nachází pouze v několika málo genomech.cs
dc.description.abstractPapillomaviruses are sexually transmitted pathogens with a genome length of about 8 kbp. The probability that an adult person will suffer from a papillomavirus infection is up to 80–90%. In most cases, the immune system will eliminate the infection. However, in women it can lead to the development of cervical cancer. That is caused by the high-risk human papillomaviruses, against which vaccination is available. Sequences rich in guanine have been found in the genomes of papillomaviruses, in these sequences the formation of G-quadruplexes occur. They are formed by stacked G-tetrads and are stabilized by monovalent cations, most often K+ and Na+. They are found e.g. in telomeres, oncogene promoters, transcription factor binding sites and recombination sites. Inverted repeats (IR) are also found in the genomes of these viruses. They consist of sequences of nucleotides followed by its reverse complement. Inverted repeats are being referred to as hotspots of genomic instability because they fold into hairpin or cruciform structures that disrupt DNA replication. G4Hunter and Palindrome analyzer were used to analyze the genomes. The analysis revealed that the presence of PQS (Potential Quadruplex-forming Sequence) is higher in papillomaviruses infecting vertebrates than in viruses infecting humans due to the higher content of guanine and cytosine which are connected to the formation of PQS. A higher frequency of PQS presence was found in the genomes of papillomaviruses than in Archaea, Bacteria and Homo sapiens. IR analysis showed that the shortest IRs (6 bases) are the mostly present in the genome and also that IRs formed of 25–30 bases are found in only a few genomes.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationVYORALOVÁ, A. Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomech papilomavirů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2023.cs
dc.identifier.other148394cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/210769
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemickács
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectG-kvadruplexcs
dc.subjectinverzní repeticecs
dc.subjectpapilomavirycs
dc.subjectbioinformatická analýzacs
dc.subjectG-quadruplexen
dc.subjectinverted repeatsen
dc.subjectpapillomavirusesen
dc.subjectbioinformatics analysisen
dc.titlePřítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomech papilomavirůcs
dc.title.alternativePresence and localization of local DNA structures in papillomavirus genomesen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2023-06-13cs
dcterms.modified2023-06-13-15:58:36cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta chemickács
sync.item.dbid148394en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2023.07.17 10:02:46en
sync.item.modts2023.07.17 09:35:07en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav fyzikální a spotřební chemiecs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
2.38 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
336.24 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_148394.html
Size:
9.13 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_148394.html
Download
Collections
2023