Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje.
The bachelor thesis is devoted to the problem of derivation of operon structures and creation of a software tool that allows prediction of operon structures. The tool both predicts operons based on gene expression information, but also refines already predicted operons with gene expression information. The tool is tested on the bacteria Escherichia coli BW25113 and Clostridium beijerinckii NRRL B-598. The theoretical part is devoted to description of operon structure and function, genome sequencing, transcriptome analysis, Clostridium beijerinckii NRRL B-598, Escherichia coli BW25113 and already available online tools for inferring operon structures. In the practical part of the thesis, the pre-processing of raw transcriptomic data to obtain a suitable format for the prediction of operon structures, testing of online tools and the actual implementation of the tool itself are discussed.
The bachelor thesis is devoted to the problem of derivation of operon structures and creation of a software tool that allows prediction of operon structures. The tool both predicts operons based on gene expression information, but also refines already predicted operons with gene expression information. The tool is tested on the bacteria Escherichia coli BW25113 and Clostridium beijerinckii NRRL B-598. The theoretical part is devoted to description of operon structure and function, genome sequencing, transcriptome analysis, Clostridium beijerinckii NRRL B-598, Escherichia coli BW25113 and already available online tools for inferring operon structures. In the practical part of the thesis, the pre-processing of raw transcriptomic data to obtain a suitable format for the prediction of operon structures, testing of online tools and the actual implementation of the tool itself are discussed.
Description
Citation
NEJEZCHLEBOVÁ, J. Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda)
Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen)
Ing. Kateřina Jurečková (člen)
MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen)
Larisa Chmelíková (člen)
Date of acceptance
2022-06-15
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. položil otázku, jak poznám ve Vaší práci, kde je diskuze? Jsou nějaké limitace ve Vašem přístupu? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení