Transkriptomická charakterizace pomocí analýzy RNA-Seq dat

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Daniel Schwarz, Ph.D. (předseda) prof. PharmDr. Petr Babula, Ph.D. - oponent (člen) MUDr. Petr Džubák, Ph.D. (člen) doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (člen) Ing. Matej Lexa, Ph.D. - oponent (člen)cs
but.defenceKomise považuje disertaci doktorandky za bezproblémovou. Největší přínos spatřuje v analýze Long RNA dat.cs
but.jazykangličtina (English)
but.programElektrotechnika a komunikační technologiecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorProvazník, Valentýnaen
dc.contributor.authorAbo Khayal, Layalen
dc.contributor.refereeBabula, Petren
dc.contributor.refereeLexa,, Matejen
dc.date.available2019-05-02cs
dc.date.created2018cs
dc.description.abstractVysoce výkonné sekvenční technologie produkují obrovské množství dat, která mohou odhalit nové geny, identifikovat splice varianty a kvantifikovat genovou expresi v celém genomu. Objem a složitost dat z RNA-seq experimentů vyžadují škálovatelné metody matematické analýzy založené na robustníchstatistických modelech. Je náročné navrhnout integrované pracovní postupy, které zahrnují různé postupy analýzy. Konkrétně jsou to srovnávací testy transkriptů, které jsou komplikovány několika zdroji variability měření a představují řadu statistických problémů. V tomto výzkumu byla sestavena integrovaná transkripční profilová pipeline k produkci nových reprodukovatelných kódů pro získání biologicky interpretovovatelných výsledků. Počínaje anotací údajů RNA-seq a hodnocení kvality je navržen soubor kódů, který slouží pro vizualizaci hodnocení kvality, potřebné pro zajištění RNA-Seq experimentu s analýzou dat. Dále je provedena komplexní diferenciální analýza genových expresí, která poskytuje popisné metody pro testované RNA-Seq data. Pro implementaci analýzy alternativního sestřihu a diferenciálních exonů jsme zlepšili výkon DEXSeq definováním otevřeného čtecího rámce exonového regionu, který se používá alternativně. Dále je popsána nová metodologie pro analýzu diferenciálně exprimované dlouhé nekódující RNA nalezením funkční korelace této RNA se sousedícími diferenciálně exprimovanými geny kódujícími proteiny. Takto je získán jasnější pohled na regulační mechanismus a poskytnuta hypotéza o úloze dlouhé nekódující RNA v regulaci genové exprese.en
dc.description.abstractThe high-throughputs sequence technologies produce a massive amount of data, that can reveal new genes, identify splice variants, and quantify gene expression genome-wide. However, the volume and the complexity of data from RNA-seq experiments necessitate a scalable, and mathematical analysis based on a robust statistical model. Therefore, it is challenging to design integrated workflow, that incorporates the various analysis procedures. Particularly, the comparative transcriptome analysis is complicated due to several sources of measurement variability and poses numerous statistical challenges. In this research, we performed an integrated transcriptional profiling pipeline, which generates novel reproducible codes to obtain biologically interpretable results. Starting with the annotation of RNA-seq data and quality assessment, we provided a set of codes to serve the quality assessment visualization needed for establishing the RNA-Seq data analysis experiment. Additionally, we performed comprehensive differential gene expression analysis, presenting descriptive methods to interpret the RNA-Seq data. For implementing alternative splicing and differential exons usage analysis, we improved the performance of the Bioconductor package DEXSeq by defining the open reading frame of the exonic regions, which are differentially used between biological conditions due to the alternative splicing of the transcripts. Furthermore, we present a new methodology to analyze the differentially expressed long non-coding RNA, by finding the functional correlation of the long non-coding RNA with neighboring differential expressed protein coding genes. Thus, we obtain a clearer view of the regulation mechanism, and give a hypothesis about the role of long non-coding RNA in gene expression regulation.cs
dc.description.markPcs
dc.identifier.citationABO KHAYAL, L. Transkriptomická charakterizace pomocí analýzy RNA-Seq dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.cs
dc.identifier.other109487cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/70129
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsPřístup k plnému textu prostřednictvím internetu byl licenční smlouvou omezen na dobu 1 roku/letcs
dc.subjectRNA-Seqen
dc.subjectdiferenciální genová exprese (DGE)en
dc.subjectalternativní splicingen
dc.subjectdiferenciální použití exonů (DEU)en
dc.subjectdlouhá nekódující RNA (lncRNA)en
dc.subjectRNA-Seqcs
dc.subjectDifferential Gene Expression (DGE)cs
dc.subjectAlternative splicingcs
dc.subjectDifferential Exon Usage (DEU)cs
dc.subjectlong non-coding RNA (lncRNA).cs
dc.titleTranskriptomická charakterizace pomocí analýzy RNA-Seq daten
dc.title.alternativeTranscriptomic Characterization Using RNA-Seq Data Analysiscs
dc.typeTextcs
dc.type.driverdoctoralThesisen
dc.type.evskpdizertační prácecs
dcterms.dateAccepted2018-05-02cs
dcterms.modified2018-05-15-10:18:05cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid109487en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.27 11:57:47en
sync.item.modts2025.01.17 10:09:07en
thesis.disciplineBiomedicínská elektronika a biokybernetikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelDoktorskýcs
thesis.namePh.D.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 5 of 5
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
6.49 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
thesis-1.pdf
Size:
2.55 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
thesis-1.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
Posudek-Oponent prace-Posudek disertacni prace Layal Abo Khayal_prof. Babula.pdf
Size:
988.95 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek-Oponent prace-Posudek disertacni prace Layal Abo Khayal_prof. Babula.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
Posudek-Oponent prace-Posudek oponenta Dr. Lexa_Layal Abo Khayal.pdf
Size:
654.4 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek-Oponent prace-Posudek oponenta Dr. Lexa_Layal Abo Khayal.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
review_109487.html
Size:
3.72 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_109487.html
Download
Collections
2018