Predikce struktury kvadruplexu
| but.committee | prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jan Janoušek, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. František Zbořil, CSc. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm velmi dobře (B). Otázky u obhajoby: Nedávno kolektiv autorů Svozil et al. publikovali sbírku dinukleotidů vyskytujících se ve známých strukturách DNA. Jak by jste mohl tyto informace zahrnout do Vaší práce aby zlepšili predikci? Delší smyčky mají vysoký stupeň volnosti co do možných 3-D tvarů. Nebylo by lepší u takových smyček jejich střední část úplně vypustit a zaměřit se na nukleotidy v těsném sousedství guaninů? | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Martínek, Tomáš | cs |
| dc.contributor.author | Mikula, Adrian | cs |
| dc.contributor.referee | Lexa, Matej | cs |
| dc.date.accessioned | 2020-06-23T08:18:57Z | |
| dc.date.available | 2017-06-24 | cs |
| dc.date.created | 2014 | cs |
| dc.description.abstract | Tato diplomová práce se zabývá způsobem vyhledávání a predikcí struktury kvadruplexů v sekvencích DNA. Jsou zde vysvětleny související pojmy, které jsou důležité pro pochopení funkcí kvadruplexů, jejich vlastnosti a možnosti geometrického uspořádání. Také jsou zde popsány současné metody, které umožňují vyhledávání a predikci struktur kvadruplexů a to jak fyzikálně-chemické, tak výpočetní. Je zde taky vysvětlen princip molekulárního modelování, který byl použit ve výsledné aplikaci. Součástí této práce je i návrh a popis implementace finálního řešení vyhledávání a predikce struktury kvadruplexů pomocí nástrojů AMBER Tools. | cs |
| dc.description.abstract | This master's thesis focuses on search and structure prediction of quadruplexes in DNA sequences. Thesis also explains related terms that are important for understanding the function, properties and geometry of quadruplexes. Thesis describe physico-chemical and computational current methods, which possible to discover and structure prediction. This paper also explain the principle of molecular modelling, which was used in the final application. Design and implementation of the final algorithm are also part of this thesis. | en |
| dc.description.mark | B | cs |
| dc.identifier.citation | MIKULA, A. Predikce struktury kvadruplexu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2014. | cs |
| dc.identifier.other | 79879 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/53335 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Přístup k plnému textu prostřednictvím internetu byl licenční smlouvou omezen na dobu 3 roku/let | cs |
| dc.subject | Kvadruplex | cs |
| dc.subject | DNA | cs |
| dc.subject | sekundární struktura | cs |
| dc.subject | nukleová kyselina | cs |
| dc.subject | transkripce | cs |
| dc.subject | AMBER Tools | cs |
| dc.subject | potenciální energie | cs |
| dc.subject | molekulární modelování | cs |
| dc.subject | Quadruplex | en |
| dc.subject | DNA | en |
| dc.subject | secondary structure | en |
| dc.subject | nucleic acid | en |
| dc.subject | transcription | en |
| dc.subject | AMBER Tools | en |
| dc.subject | potential energy | en |
| dc.subject | molecular modelling | en |
| dc.title | Predikce struktury kvadruplexu | cs |
| dc.title.alternative | Prediction of Quadruplex Structure | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2014-06-24 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-10-16:11:42 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 79879 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2021.11.23 00:09:47 | en |
| sync.item.modts | 2021.11.22 23:26:02 | en |
| thesis.discipline | Bioinformatika a biocomputing | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |
Files
Original bundle
1 - 1 of 1
Loading...
- Name:
- review_79879.html
- Size:
- 1.42 KB
- Format:
- Hypertext Markup Language
- Description:
- review_79879.html