Bioinformatická analýza extremofilních bakterií v kontextu jejich schopnosti akumulovat polyestery
| but.committee | prof. Ing. Martina Klučáková, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Michal Veselý, CSc. (místopředseda) doc. Ing. Petr Dzik, Ph.D. (člen) doc. Ing. Filip Mravec, Ph.D. (člen) prof. Mgr. Martin Vala, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Obhajoba proběhla podle následujícího schématu: prezentace student-vyjádření vedoucí/ho-oponentský posudek-reakce na posudek-diskuse s komisí. Studentka přednesla velmi dobrý výtah výsledků své bakalářské práce, zodpověděla dotazy oponentské i členů komise, reagovala na připomínky k bakalářské práci. V diskusi tak studentka prokázala velmi dobrou schopnost orientace v teoretických i praktických základech problematiky bakalářské práce. Komise, s uvážením hodnocení v posudku a vyjádření vedoucí/ho, zhodnotila její bakalářskou práci celkově jako velmi dobrou. Klučáková: Můžete nám vysvětlit, jakým způsobem jste nastudovala a zpracovala 283 literárních referencí? Veselý: Znáte rozdíl mezi rozdělovníkem a pomlčkou? Prosím příště zlepšete písemný projev a typografickou kvalitu. | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Chemie a chemické technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Obruča, Stanislav | cs |
| dc.contributor.author | Bočková, Sabina | cs |
| dc.contributor.referee | Sedlář, Karel | cs |
| dc.date.created | 2024 | cs |
| dc.description.abstract | Tato bakalářská práce se zaobírala bioinformatickou analýzou extremofilních bakterií v kontextu jejich schopnosti akumulovat polyhydroxyalkanoáty (PHA) – mikrobiální zásobní polyestery. Konkrétně jsme se věnovali bioinformatickému výzkumu v online dostupných databázích BacDive a BLAST, jejichž cílem bylo identifikovat nové termofilní a psychrofilní bakteriální kmeny disponující genetickými predispozicemi pro syntézu PHA. Identifikace těchto potenciálních producentů PHA byla provedena na základě identifikace přítomnosti genu phaC (jako templát byl zvolen gen phaC bakterie Cupriavidus necator). Pomocí databáze BLAST, optimální kultivační teplota poté byla pro vybrané kandidáty ověřena v databázi BacDive. Vybrané bakteriální kmeny, které obsahovali gen phaC a zároveň svými vlastnostmi zapadali do skupiny termofilů nebo psychrofilů byly podrobně charakterizovány pomocí literární rešerše. Na základě získaných dat byly sestaveny dvě tabulky obsahující celkem 60 termofilních a 60 psychrofilních bakterií, které disponují genetickými předpoklady pro syntézu PHA. V experimentální části bylo vybráno pět psychrofilních bakterií kmene Massilia a pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) bylo zkoumáno zda vybrané psychrofilní bakterie disponují genem phaC. Přítomnost genu phaC syntázy I. třídy byla prokázána u dvou bakteriálních kmenů. U dalších dvou bakterií byla potvrzena absence tohoto genu. U jednoho kmene se pravděpodobně nepodařilo vyisolovat DNA v potřebné čistotě a množství. | cs |
| dc.description.abstract | This bachelor thesis is focused on the bioinformatic analysis of extremophilic bacteria in the context of their ability to accumulate Polyhydroxyalkanoates (PHA) – microbial storage polyesters. Specifically, we conducted bioinformatic research using the online available databases BacDive and BLAST to identify new thermophilic and psychrophilic bacterial strains with genetic predispositions for PHA synthesis. The identification of these potential PHA producers was based on the presence of the phaC gene (using the phaC gene from the bacterium Cupriavidus necator as a template). Using the BLAST database, the optimal cultivation temperature was then verified for the selected candidates in the BacDive databse. Selected bacterial strains that contained the phaC gene and fit into the group of themophiles or psychrophiles wre thoroughly characterized through literature review. Based in the obtained data, two tables were cimpiled containing a total of 60 themophilic and 60 psychrophilic bacteria with genetic predispositions for the PHA synthesis. In the experimental part, five psychrophilic bacteria of the genus Massilia were selected and the presence of the phaC gene was exymined using polymerase chain reaction (PCR). The presence of the class I phaC synthase was confirmed in two other bacteria. In one strain, it was likely that DNA isolation in the required purity and quantity was not successful. | en |
| dc.description.mark | B | cs |
| dc.identifier.citation | BOČKOVÁ, S. Bioinformatická analýza extremofilních bakterií v kontextu jejich schopnosti akumulovat polyestery [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2024. | cs |
| dc.identifier.other | 156643 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/248468 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | Polyhydroxyalkanoáty (PHA) | cs |
| dc.subject | PHA syntáza | cs |
| dc.subject | phaC enzym | cs |
| dc.subject | termofilní a psychrofilní bakterie | cs |
| dc.subject | bakteriální kmen Massilia | cs |
| dc.subject | Polyhydroxyalkanoates (PHA) | en |
| dc.subject | PHA synthase | en |
| dc.subject | phaC enzyme | en |
| dc.subject | thermophilic and psychrophilic bacteria | en |
| dc.subject | bacterial strain Massilia | en |
| dc.title | Bioinformatická analýza extremofilních bakterií v kontextu jejich schopnosti akumulovat polyestery | cs |
| dc.title.alternative | Bioinformatic analysis of extremophillic bacteria with respect to their capability of polyester accumulation | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | bachelorThesis | en |
| dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2024-06-17 | cs |
| dcterms.modified | 2024-06-17-16:37:27 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta chemická | cs |
| sync.item.dbid | 156643 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.16 12:57:50 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 21:30:14 | en |
| thesis.discipline | bez specializace | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav fyzikální a spotřební chemie | cs |
| thesis.level | Bakalářský | cs |
| thesis.name | Bc. | cs |