BOČKOVÁ, S. Bioinformatická analýza extremofilních bakterií v kontextu jejich schopnosti akumulovat polyestery [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2024.
Ve své bakalářské práci se studentka Sabina Bočková věnovala bioinformatické analýze extremofilních bakterií v kontextu jejich schopnosti produkce PHA. Konkrétně bylo cílem práce na základě bioinformatické analýzy genetické predispozice (přítomnost genu kódujícího PHA syntázu) identifikovat potenciální producenty PHA mezi termofilními a psychrofilními bakteriemi. K realizaci své bakalářské práce přistupovala studentka velice aktivně a zodpovědně. Pravidelně využívala konzultace a postupně pochopila a také si osvojila základy práce s databázemi jako je BLAST a BacDive a podařilo se jí identifikovat celou řadu hypotetických producentů PHA, u kterých metabolismus PHA doposud nebyl studován ani popsán. To je dle mého názoru velice zajímavý výsledek a základ pro další navazující experimentální práce. Zároveň se studentka v rámci realizace své bakalářské práce osvojila základy PCR a experimentálně ověřila přítomnost genu kódujícího PHA syntázu u vybraných psychrofilních bakterií. Velice kvalitně se studentka zhostila také vypracování textové části své práce. Podle mého názoru studentka zpracovala velice zdařilou bakalářskou práci, která obsahuje všechny náležitosti kladené na tento typ dokumentu. Studentka dokázala schopnosti a dovednosti vypracovat kvalitní, logickou a dobře čitelnou práci, která naplňuje všechny požadavky kladené na odborný text. Velice solidním způsobem pracovala s experimentálními daty i literárními zdroji, které dokázala propojit v jeden funkční celek. Na základě výše uvedeného doporučuji práci k obhajobě a hodnotím ji známkou A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Kvalita zpracování výsledků | B | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | A | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A | ||
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | A | ||
| Využití poznatků z literatury | B |
Studentka Sabina Bočková se ve své práci zabývala výpočetní, ale i experimentální charakterizací extremofilních bakterií z hlediska přítomnosti genu zodpovědného za syntézu polyhydroxyalkanoátů (PHA). V teoretické části práce shrnuje důležité poznatky o PHA a extremofilních organismech a po obsahové stránce je tato část velmi zdařilá. Bylo by ale vhodné, kdyby v této části byly popsány i využívané databáze a nástroje na jejich prohledávání. V abstraktu práce je totiž například nesprávně uvedeno, že byla využita databáze BLAST, byť se jedná o bioinformatický nástroj, a ne databázi. Přitom v popisu metodiky experimentální části práce je toto popsáno již správně. V rámci experimentální části práce studentka provedla prohledávání databáze BacDive a blíže nespecifikované databáze pod správou NCBI, pravděpodobně databáze RefSeq non-redundant proteins a vyhledávala termofilní a psychrofilní bakterie, které mají gen pro syntézu PHA. Byť práce přináší hodnotný původní seznam bakterií s potenciálem PHA, není prosta některých drobných odborných prohřešků a několika nejasností. Například na obrázku 11 není sekvence ve FASTA formátu, který je navíc napsán nesprávně jako „FAST“ nebo několika tvrzení o identifikačním čísle sekvence bakteriálního kmene. Jedná se totiž o přístupová čísla pouze k sekvenci polyhydroxyalkanoát syntáz, navíc do databáze neredundantních proteinů, které reprezentují druh a ne kmen. Co se týče nejasností, kromě neuvedené databáze, vůči které byl spouštěn BLAST, vlastně není jasné, jak byl BLAST použit, protože je celá metodika popsaná jednou větou, „bakteriální kmeny byly postupně vkládány do programu BLAST“, která v podstatě nedává smysl. Velmi kladně ale hodnotím, že in silico analýza je doplněná experimenty využívající qPCR a je jasné, že studentka musela nastudovat spoustu věcí nad rámec svého studia. Po formální stránce je práce bohužel přinejlepším průměrná. Obsahuje překlepy a z nich vyplývající zavádějící tvrzení jako „konvekční plasty“ či jiné nepřesnosti jako „hodnota e value minimálně…“ když bylo pravděpodobně myšleno „maximálně“. Zkratky genů nejsou psané kurzívou, zkratky proteinů občas bez velkého počátečního písmena, tudíž je text hůře pochopitelný a vyžaduje větší soustředění. To je způsobené i tím, že většina obrázků a i některé tabulky nejsou v textu nijak odkazovány a čtenář si tak musí hledat souvislosti sám. Nadpisy kapitol jdou až do páté úrovně, což taky na čtivosti a orientaci v textu nepřidává, zvlášť když jsou některé úrovně zbytečné, například pokud je z rodů Halomonas a Chelatococcus pak vybraný jediný zástupce. Přes uvedené výtky považuji zadání práce za bezezbytku splněné, a protože práce přináší původní výsledky, tak ji i přes formální prohřešky doporučuji k obhajobě a navrhuji hodnotit stupněm B/velmi dobře.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | B | ||
| Kvalita zpracování výsledků | B | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Využití literatury a její citace | A | ||
| Úroveň jazykového zpracování | B | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | C | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B |
eVSKP id 156643