Navržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismů

Simple item page
but.committeeprof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda) Ing. Marina Filipenská, Ph.D. (místopředseda) Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen) Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Sedlář položil otázku, co znamená slovní spojení počet boostrapů? Ing. Jakubíček položil otázku, co je hustota gaussovského jádra? Co jste zjistil z grafu uvádějícího časovou náročnost? Byla hodnota F-skóre konstantní pro různý počet replikátů? Jak poznáte významnou změnu exprese? Co znamenají nulové hodnoty v uvedené tabulce? Mgr. Čejková položila otázku, jak velké je zpoždění u replikace genu u Clostridia? Prof. Babula položil otázku, proč byly vybrané uvedené časové intervaly? Student obhájil diplomovou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorMusilová, Janacs
dc.contributor.authorPirkl, Petrcs
dc.contributor.refereeSedlář, Karelcs
dc.date.created2022cs
dc.description.abstractPráce se zabývá shrnutím základních laboratorních metod pro stanovování genové exprese, postupy předzpracování dat a nástroji používanými k odvozování genových regulačních sítí. Dále se práce zabývá samotným předzpracováním dat, tedy vytvořením matice počtů a její normalizace s využitím dat nemodelového organismu Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Hlavní částí práce je poté navržení algoritmu pro tvorbu genové regulační sítě s využitím vzájemné informace a jeho implementace v jazyku R, včetně testování na datech nemodelového organismu i zlatého standardu.cs
dc.description.abstractThe thesis is focused on summary of laboratory methods for determining gene expression, data preprocessing procedures and possible tools used to infere gene regulatory networks. Furthermore, the thesis handles with the pre-processing of data. It means create count table and normalize it. It was use data from the non-model organism Clostridium beijerinckii NRRL B-598. The main parts of the thesis are designed an algorithm for the creation of a gene regulatory network using mutual information and its implementation in the R language. This include testing the algorithm on data from the non-model organism and the gold standard.en
dc.description.markCcs
dc.identifier.citationPIRKL, P. Navržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.cs
dc.identifier.other142100cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/204921
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectGenové regulační sítěcs
dc.subjectvzájemná informacecs
dc.subjectgenová expresecs
dc.subjectgencs
dc.subjectRNA-Seqcs
dc.subjectGene regulatory networksen
dc.subjectmutual informationen
dc.subjectgene expressionen
dc.subjectgeneen
dc.subjectRNA-Seqen
dc.titleNavržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismůcs
dc.title.alternativeGene regulatory network inference based on mutual information in non-model organismsen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2022-06-08cs
dcterms.modified2022-06-10-08:48:24cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid142100en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 14:31:33en
sync.item.modts2025.01.17 12:56:37en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.36 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
608.21 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_142100.html
Size:
7.42 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_142100.html
Download
Collections
2022