Numerické metody pro klasifikaci metagenomických dat
| but.committee | prof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (předseda) doc. RNDr. Martin Kovár, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen) Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Odstrčilík položil otázku, zda se používají klasifikátory s učitelem. Prof. Provazník položil otázku: co by bylo možné dále vylepšit? Ing. Čmiel položil otázku: jakým způsobem hledáte centroidy? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta. | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Biomedicínské inženýrství a bioinformatika | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Vítková, Helena | cs |
| dc.contributor.author | Vaněčková, Tereza | cs |
| dc.contributor.referee | Sedlář, Karel | cs |
| dc.date.created | 2016 | cs |
| dc.description.abstract | Tato práce se zabývá metagenomikou a výpočetními metodami využívanými pro zpracování metagenomu. Literární rešerše metod nevyžadujících zarovnání ukázala, že metody založené na studiu taxonomicky specifických četností nukleotidových slov se jeví jako vhodný a dostatečně účinný nástroj pro zpracování metagenomických čtení sekvenačních technologií nové generace. Pro vyhodnocení potenciálu těchto metod byly testovány vybrané příznaky založené na studiu četností nukleotidových slov na sadě simulovaných metagenomických čtení. Analýza byla provedena pro různou délku slov a vyhodnocena s ohledem na úspěšnost klasifikace pomocí hierarchického shlukování v originálním datovém prostoru a K-means shlukování v redukovaném datovém prostoru. | cs |
| dc.description.abstract | This thesis deals with metagenomics and numerical methods for classification of metagenomic data. Review of alignment-free methods based on nucleotide word frequency is provided as they appear to be effective for processing of metagenomic sequence reads produced by next-generation sequencing technologies. To evaluate these methods, selected features based on k-mer analysis were tested on simulated dataset of metagenomic sequence reads. Then the data in original data space were enrolled for hierarchical clustering and PCA processed data were clustered by K-means algorithm. Analysis was performed for different lengths of nucleotide words and evaluated in terms of classification accuracy. | en |
| dc.description.mark | A | cs |
| dc.identifier.citation | VANĚČKOVÁ, T. Numerické metody pro klasifikaci metagenomických dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016. | cs |
| dc.identifier.other | 93564 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/59790 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | Metagenomika | cs |
| dc.subject | technologie sekvenování | cs |
| dc.subject | nukleotidová slova | cs |
| dc.subject | k-mery | cs |
| dc.subject | hierarchické shlukování | cs |
| dc.subject | PCA | cs |
| dc.subject | K-means shlukování | cs |
| dc.subject | metody nevyžadující zarovnání | cs |
| dc.subject | Metagenomics | en |
| dc.subject | sequencing technologies | en |
| dc.subject | nucleotide words | en |
| dc.subject | k-mers | en |
| dc.subject | hierarchical clustering | en |
| dc.subject | PCA | en |
| dc.subject | K-means clustering | en |
| dc.subject | alignment-free methods | en |
| dc.title | Numerické metody pro klasifikaci metagenomických dat | cs |
| dc.title.alternative | Numerical methods for classification of metagenomic data | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2016-06-07 | cs |
| dcterms.modified | 2016-06-10-12:57:44 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 93564 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.26 13:23:29 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.17 12:36:38 | en |
| thesis.discipline | Biomedicínské inženýrství a bioinformatika | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |
Files
Original bundle
1 - 3 of 3
Loading...
- Name:
- final-thesis.pdf
- Size:
- 3.08 MB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- final-thesis.pdf
Loading...
- Name:
- review_93564.html
- Size:
- 5.14 KB
- Format:
- Hypertext Markup Language
- Description:
- file review_93564.html