Vyhledávání vzdálených ortologních genů

Abstract

Tento práce se věnuje vývoji přístupu k vyhledávání ortologů pomocí profilových skrytých Markovských modelů (pHMM). Hlavní pozornost je věnována vytvoření modelu, který umožňuje identifikovat ortology na základě analýzy sekvencí. Přitom jsou zohledněny teoretické aspekty související s konceptem ortologů a paralogů a studovány algoritmy a nástroje používané k jejich vyhledávání. Součástí práce je návrh plně automatizovaného nástroje kombinujícího vícekrokové zpracování dat– od stažení sekvencí přes vícenásobné zarovnání, tvorbu HMM profilu až po iterativní vyhledávání a analýzu výsledků.This thesis focuses on the development of an approach to ortholog retrieval using Profile Hidden Markov Models (pHMMs). The main focus is on developing a model that allows orthologs to be identified based on sequence analysis. In doing so, theoretical aspects related to the concept of orthologs and paralogs are considered and the algorithms and tools used to search for them are studied. The work includes the design of a fully automated tool combining multi-step data processing- from sequence download through multiple alignment, HMM profile generation to iterative search and result analysis.