Detekce patogenních mutací z RNAseq dat u pacientů s kolorektálním karcinomem

Abstract

Kolorektální karcinom, jako nejčastější druh rakoviny v Čechách, si zaslouží dosti pozornosti. Tato práce popisuje možné příčiny vzniku jako i praktické zkoumání jeho genetického pozadí. Pro zkoumání možných mutačních variant byly získány vzorky od 194 pacientů v různém stádiu onemocnění, které byly zároveň podrobeny cílenému i transkriptovému sekvenování, přičemž cíleného sekvenování bylo zpracováno mimo tuto práci a v této práci jsou použity jen výsledky. Získané transkriptomy byly sekvenovány pomocí technologie Illumina, jejíž princip je blíže popsán v textu. Dále se práce věnuje srovnávání nejvhodnějších nástrojů pro analýzu dat, tedy mapování a vyhledávání mutací. Jako nevhodnější byl vybrán nástroj STAR pro zarovnání a postup GATK pro zbytek analýzy. Byla sestavena pipeline pro vyhodnocení dat od kontroly kvality po finální filtraci a anotaci. V okamžiku odevzdání práce byli k dispozici pouze neprůkazné výsledky, které se zde nehodí presentovat.As the most common type of cancer in Czechia, colorectal carcinoma gets all the possible attention. This work tries to offer a brief summary it's origin together with analysis of samples collected from 194 patients of different stages of cancer. The samples undergo both transcriptome and oncopanel sequencing, while those of targeted sequencing were analysed and processed separately, this work aims at the RNAseq analysis. The transcriptomes were sequenced using the Illumina next generation technology as described in detail further in the text, followed by comparison of different mapping and variant calling tools. The STAR algorithm and GATK workflow came out as the most appropriate ones for a pipeline design, which was later assembled. Only irrelevant results were available, by the time of submitting, and further research is required.