Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců

Simple item page
but.jazykčeština (Czech)
but.programInformační technologiecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorMartínek, Tomášcs
dc.contributor.authorNosek, Ondřejcs
dc.contributor.refereeKořenek, Jancs
dc.date.createdcs
dc.description.abstractMetody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.cs
dc.description.abstractMethods for aproximate string matching of various sequences used in bioinformatics are crucial part of development in this branch. Tasks are of very large time complexity and therefore we want create a hardware platform for acceleration of these computations. Goal of this work is to design a generalized architecture based on FPGA technology, which can work with various types of sequences. Designed acceleration card will use especially dynamic algorithms like Needleman-Wunsch and Smith-Waterman.en
dc.description.markBcs
dc.identifier.citationNOSEK, O. Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. .cs
dc.identifier.other15243cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/54025
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsPřístup k plnému textu prostřednictvím internetu byl licenční smlouvou omezen na dobu 1 roku/letcs
dc.subjectDNA řetězeccs
dc.subjectRNAcs
dc.subjectproteinový řetězeccs
dc.subjectnukleotidcs
dc.subjectaminokyselinacs
dc.subjectkodóncs
dc.subjecttripletcs
dc.subjectevolucecs
dc.subjectgenycs
dc.subjectporovnávání řetězccs
dc.subjectzarovnánícs
dc.subjectakcelerace algoritmucs
dc.subjecthardwarecs
dc.subjectarchitekturacs
dc.subjectFPGAcs
dc.subjectglobální metodacs
dc.subjectlokální metodacs
dc.subjectalgoritmuscs
dc.subjectLevenshteinova vzdálenostcs
dc.subjectSmith-Watermancs
dc.subjectNeedleman-Wunschcs
dc.subjectpokutacs
dc.subjectmezerycs
dc.subjectzpětný průchodcs
dc.subjectsubstituční maticecs
dc.subjectskóre podobnostics
dc.subjectvýpočetcs
dc.subjectporovnávací buňkacs
dc.subjectporovnávací pravidlacs
dc.subjectřídící obvod.cs
dc.subjectDNA sequenceen
dc.subjectRNAen
dc.subjectprotein sequenceen
dc.subjectnucleotide amino-aciden
dc.subjectcodonen
dc.subjecttripleten
dc.subjectevolutionen
dc.subjectgenesen
dc.subjectpairwise alignmenten
dc.subjectstring matchingen
dc.subjectglobal alignmenten
dc.subjectalgorithm accelerationen
dc.subjecthardwareen
dc.subjectarchitectureen
dc.subjectFPGA technologyen
dc.subjectlocal alignmenten
dc.subjectLevenshtein distanceen
dc.subjectSmith-Waterman algorithmen
dc.subjectNeedleman-Wunsch algorithmen
dc.subjectpenaltyen
dc.subjectgaps backtrackingen
dc.subjectsubstitution matrixen
dc.subjectmatch scoreen
dc.subjectcomputingen
dc.subjectmatching cellen
dc.subjectcharacter ruleen
dc.subjectsequencer.en
dc.titleHardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězcůcs
dc.title.alternativeHardware Acceleration of Algorithms for Approximate String Matchingen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.modified2020-05-09-23:39:49cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
sync.item.dbid15243en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 15:02:43en
sync.item.modts2025.01.15 17:38:13en
thesis.disciplinePočítačové systémy a sítěcs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémůcs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
review_15243.html
Size:
1.46 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_15243.html
Download
Collections
2006