Online databáze sekvenčních a melt typů bakterií

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda) Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (místopředseda) doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Michal Masařík, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Mgr. Ing. Sedlář položil otázku co jsou hodnoty MELT, jak a proč se získávají. Doc. Masařík položil otázku, zda bude databáze rozšířena na více bakterií a z jakého důvodu byly vybrány uvedené čtyři bakterie. Doc. Kolář položil otázku, zda a případně v jakém programovacím jazyce studentka všechny části práce napsala. Ing. Čmiel položil otázku na pátou kapitolu práce - proč jdou hodnoty diferecí do záporných hodnot. Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykangličtina (English)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorSedlář, Karelen
dc.contributor.authorFrantišová, Zuzanaen
dc.contributor.refereeŠabatová, Kateřinaen
dc.date.created2020cs
dc.description.abstractPředmětem této diplomové práce je vytvoření databáze známých sekvenčních a melt typů patogenních bakterií a nástroje pro správu databáze. Metoda popisovaná v této práci je poměrně nová technika typizace patogenních bakterií založena na překladu sekvenčních typů na příslušející melt typ a využívá k tomu převodní klíč, který byl vytvořen ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genové terapie Interní hematologické a onkologické kliniky Fakultní nemocnice Brno. Obsahem práce je vytvoření prostoru na databázovém serveru, načtení potřebných dat, aplikace převodního klíče, vytvoření GUI, vytvoření dalších vhodných ošetření a rozšíření, testování a následná analýza výsledků. V první kapitole jsou diskutovány nejznámější metody bakteriální typizace, další kapitola je pak věnována server-client aplikacím a databázovým nástrojům. Třetí kapitola popisuje implementaci databáze na server a čtvrtá kapitola stručně shrnuje všechny funkce programu. V poslední kapitole je pak popsána analýza vylepšení převodního klíče, které získalo pracovní název půlené alely.en
dc.description.abstractThe subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.cs
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationFRANTIŠOVÁ, Z. Online databáze sekvenčních a melt typů bakterií [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.cs
dc.identifier.other126833cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/189240
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectonline databázeen
dc.subjecttypizace bakteriíen
dc.subjectMLSTen
dc.subjectsekvenční typen
dc.subjectpřevodní klíčen
dc.subjectmelt typen
dc.subjectmini typizaceen
dc.subjectonline databasecs
dc.subjectbacterial typingcs
dc.subjectMLSTcs
dc.subjectsequence typecs
dc.subjecttranslation keycs
dc.subjectmelt typecs
dc.subjectMinim Typingcs
dc.titleOnline databáze sekvenčních a melt typů bakteriíen
dc.title.alternativeOnline Database of Bacterial Sequence and Melt Typescs
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2020-06-16cs
dcterms.modified2020-06-19-13:01:39cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid126833en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 14:23:54en
sync.item.modts2025.01.15 22:41:45en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
2.8 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
7.78 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_126833.html
Size:
4.84 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_126833.html
Download
Collections
2020