Optimalizace algoritmu pro detekci G-kvadruplexů
Loading...
Date
Authors
Labudová, Dominika
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Detekcia G-kvadruplexov v DNA bola v posledných rokoch cieľom viacerých štúdií. Dôsledkom bol vznik viacerých identifikačných nástrojov. Táto bakalárska práca sa zameriava na analýzu a optimalizáciu nástroja pqsfinder ako aj vytvorenie užívateľského rozhrania pre tento nástroj. Optimalizácia poskytla významný nárast v rýchlosti algoritmu a taktiež jeho schopnosti spracovávať dlhé DNA sekvencie. Užívateľské rozhranie bolo navrhnuté a implementované za použitia moderných a efektívnych technológií s dôrazom na užívateľskú prívetivosť webovej aplikácie.
Identification of G-quadruplexes in DNA has been the interest of many studies in recent years. As a result, many identification tools were created. This bachelor's thesis focuses on analysis and optimization of a tool called pqsfinder along with creating a web interface for this tool. The optimization provided significant increase in the algorithm's speed and ability to process long DNA sequences. The web interface was designed and implemented using modern and effective technologies with emphasis on the user friendliness of the web application.
Identification of G-quadruplexes in DNA has been the interest of many studies in recent years. As a result, many identification tools were created. This bachelor's thesis focuses on analysis and optimization of a tool called pqsfinder along with creating a web interface for this tool. The optimization provided significant increase in the algorithm's speed and ability to process long DNA sequences. The web interface was designed and implemented using modern and effective technologies with emphasis on the user friendliness of the web application.
Description
Citation
LABUDOVÁ, D. Optimalizace algoritmu pro detekci G-kvadruplexů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2019.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. František Zbořil, CSc. (místopředseda)
RNDr. Petr Fuchs, Ph.D. (člen)
Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2019-06-13
Defence
Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm výborně (A) . Otázky u obhajoby: V práci ohodnocujete dopad obou optimalizací (omezení počtu rekurzivního volání a náhradu funkce exp) na výkonnost nástroje, přičemž obě techniky aplikujete současně. Jaký by byl efekt těchto optimalizací aplikovaných samostatně? Na obrázku 4.5 ukazujete určitou anomálii ve výkonnosti programu v závislosti na obsahu G ve vstupní sekvenci. Dokázala byste ji zdůvodnit?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení