Detekce genů v DNA sekvencích
Loading...
Date
Authors
Višňovský, Marek
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Práce se zaobírá návrhem metody na predikci prokaryotických genů, která pak bude odzkoušená a prezentována na genome Escherichie coli. Jednotlivé kapitoly postupně pojednávají o problematice spojené s tímto návrhem, stručným úvodem do molekulární biologie začínajíc, představením použí-vaných metod detekce respektive predikce genů pokračujíc, až samotným návrhem metody založené především na pozičně specifických maticích končíc.
The main goal of this work is to create a method for gene prediction in prokaryotic genomes, which will be later demonstrated and tested on Escherichia coli. The first chapter contains a short introduc-tion into molecular biology. In the second one, we take a closer look on current methods of gene de-tection and prediction and the work ends with an application of acquired knowledge on gene predic-tion mostly using position weight matrices.
The main goal of this work is to create a method for gene prediction in prokaryotic genomes, which will be later demonstrated and tested on Escherichia coli. The first chapter contains a short introduc-tion into molecular biology. In the second one, we take a closer look on current methods of gene de-tection and prediction and the work ends with an application of acquired knowledge on gene predic-tion mostly using position weight matrices.
Description
Citation
VIŠŇOVSKÝ, M. Detekce genů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2011.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Jan M. Honzík, CSc. (předseda)
doc. Ing. Jiří Kunovský, CSc. (místopředseda)
Ing. Martin Hrubý, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jan Kořenek, Ph.D. (člen)
Mgr. Ing. Pavel Očenášek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2011-06-15
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm velmi dobře (B). Otázky u obhajoby: Uveďte a vysvětlete vzorec pro vyplnění pomocné matice algoritmem Smith-Waterman (vzorec 3.3). Zejména vysvětlete, jak z tohoto vzorce vyplývá, že matice nemůže obsahovat záporné hodnoty. V kapitole 2.3 uvádíte, že jednotlivé kodóny kódují 21 různých aminokyselin. V tabulce 2.1 je pouze 20 aminokyselin. Můžete uvést chybějící aminokyselinu a kodón(y), které ji kódují? Je Vámi vytvořená metoda použitelná i pro jiné prokaryotické genomy, nebo pouze pro genom E. coli?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena