Vlastnosti proudových signálů při sekvenaci nanopórem
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Technologie Oxford Nanopore přinesly novou a revoluční technologii v oblasti sekvenování DNA. Jejich sekvenační zařízení měří změny elektrického proudu protékajícího póry spolu s DNA. Tato práce si klade za cíl popsat rozdíly mezi nezpracovanými signály produkovanými různými sekvenačními soupravami a průtokovými komůrkami při sekvenování několika různých bakterií. K analýze různých statistických parametrů, které by byly vhodné pro popis signálů získaných z nanopórů, byly použity dva soubory dat kombinující pět různých organismů, dva sekvenační kity a dva typy průtokových kyvet. Následně byly vzorky klasifikovány pomocí algoritmu k-means a výsledky byly diskutovány.
Oxford Nanopore technologies brought new and revolutionary technology in the field of DNA sequencing. Their sequencing device measures changes in the electric current flowing through pores together with DNA. This work aims to describe differences between raw signals produced by various sequencing kits and sequencing flowcells while sequencing several different bacteria. Two datasets combining five different organisms, two sequencing kits, and two types of flowcells were used to analyze various statistical parameters that would be suitable for the description of current signals gathered from nanopores. Finally, the samples were classified using the k-means algorithm and the results were discussed.
Oxford Nanopore technologies brought new and revolutionary technology in the field of DNA sequencing. Their sequencing device measures changes in the electric current flowing through pores together with DNA. This work aims to describe differences between raw signals produced by various sequencing kits and sequencing flowcells while sequencing several different bacteria. Two datasets combining five different organisms, two sequencing kits, and two types of flowcells were used to analyze various statistical parameters that would be suitable for the description of current signals gathered from nanopores. Finally, the samples were classified using the k-means algorithm and the results were discussed.
Description
Citation
PLOCKOVÁ, V. Vlastnosti proudových signálů při sekvenaci nanopórem [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (předseda)
Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Markéta Nykrýnová (člen)
Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Lamoš, Ph.D. (člen)
Ing. Jiří Sekora (člen)
Date of acceptance
2022-06-15
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Oponent položil otázky: V práci je uvedeno, že ze souborů FAST5 a FASTQ byla vyextrahována data, která měla stejné ID čtení. Jak jste to udělala? Jak byly získané basecallované sekvence 16s rRNA? Ing. Sekora položil otázku, co znamená slovní spojení "surový proud"? Jak docílíte toho, aby proud nebyl surový? Ing. Ronzhina položila otázku, na jaké příznaky byly aplikovány statistické testy? Čím jsou způsobeny odlehlé hodnoty a jak jste s nimi pracovala? Jsou p-hodnoty v práci uvedeny dostatečně přesně? Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení