Vlastnosti proudových signálů při sekvenaci nanopórem

Simple item page
but.committeeMUDr. Marie Nováková, Ph.D. (předseda) Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (místopředseda) Ing. Markéta Nykrýnová (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen) Ing. Martin Lamoš, Ph.D. (člen) Ing. Jiří Sekora (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Oponent položil otázky: V práci je uvedeno, že ze souborů FAST5 a FASTQ byla vyextrahována data, která měla stejné ID čtení. Jak jste to udělala? Jak byly získané basecallované sekvence 16s rRNA? Ing. Sekora položil otázku, co znamená slovní spojení "surový proud"? Jak docílíte toho, aby proud nebyl surový? Ing. Ronzhina položila otázku, na jaké příznaky byly aplikovány statistické testy? Čím jsou způsobeny odlehlé hodnoty a jak jste s nimi pracovala? Jsou p-hodnoty v práci uvedeny dostatečně přesně? Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorSedlář, Karelcs
dc.contributor.authorPlocková, Veronikacs
dc.contributor.refereeNykrýnová, Markétacs
dc.date.accessioned2022-06-16T06:52:11Z
dc.date.available2022-06-16T06:52:11Z
dc.date.created2022cs
dc.description.abstractTechnologie Oxford Nanopore přinesly novou a revoluční technologii v oblasti sekvenování DNA. Jejich sekvenační zařízení měří změny elektrického proudu protékajícího póry spolu s DNA. Tato práce si klade za cíl popsat rozdíly mezi nezpracovanými signály produkovanými různými sekvenačními soupravami a průtokovými komůrkami při sekvenování několika různých bakterií. K analýze různých statistických parametrů, které by byly vhodné pro popis signálů získaných z nanopórů, byly použity dva soubory dat kombinující pět různých organismů, dva sekvenační kity a dva typy průtokových kyvet. Následně byly vzorky klasifikovány pomocí algoritmu k-means a výsledky byly diskutovány.cs
dc.description.abstractOxford Nanopore technologies brought new and revolutionary technology in the field of DNA sequencing. Their sequencing device measures changes in the electric current flowing through pores together with DNA. This work aims to describe differences between raw signals produced by various sequencing kits and sequencing flowcells while sequencing several different bacteria. Two datasets combining five different organisms, two sequencing kits, and two types of flowcells were used to analyze various statistical parameters that would be suitable for the description of current signals gathered from nanopores. Finally, the samples were classified using the k-means algorithm and the results were discussed.en
dc.description.markDcs
dc.identifier.citationPLOCKOVÁ, V. Vlastnosti proudových signálů při sekvenaci nanopórem [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.cs
dc.identifier.other142079cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/205748
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectProudové signálycs
dc.subjectOxford Nanopore Technologiescs
dc.subjectsekvenovánícs
dc.subjectfylogenetická analýzacs
dc.subjectstatistické parametrycs
dc.subjectk-meanscs
dc.subjectCurrent signalsen
dc.subjectOxford Nanopore Technologiesen
dc.subjectsequencingen
dc.subjectphylogenetic analysisen
dc.subjectstatistical parametersen
dc.subjectk-means.en
dc.titleVlastnosti proudových signálů při sekvenaci nanopóremcs
dc.title.alternativeProperties of current signals in nanopore sequencingen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2022-06-15cs
dcterms.modified2022-06-15-14:42:41cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid142079en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2022.06.16 08:52:11en
sync.item.modts2022.06.16 08:18:08en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
5.67 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
9.11 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_142079.html
Size:
8.7 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_142079.html
Download
Collections
2022