but.committee	doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Ing. František Grézl, Ph.D. (člen) Ing. Aleš Smrčka, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Bylo by možné přidat další optimalizace a heuristiky k implementovaným algoritmům? Stručně nastiňte možnosti. V jakém jazyce jste implementoval vaše algoritmy? Co reprezentuje matice, kterou jste prezentoval? Může ovlivnit výběr programovacího jazyka ovlivnit vaše výsledky?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Burgetová, Ivana	cs
dc.contributor.author	Franěk, Jaromír	cs
dc.contributor.referee	Hynek, Jiří	cs
dc.date.created	2020	cs
dc.description.abstract	Cílem této práce je nastudovat princip efektivních algoritmů využívajících dynamické programování. S pomocí těchto znalostí vytvořit aplikaci demonstrující princip efektivních algoritmů dynamického programování v bioinformatice a sepsat zprávu shrnující výsledky. Algoritmy, obsažené v této práci, řeší zarovnání sekvencí DNA, nebo predikci sekundární struktury RNA. Tyto algoritmy jsou zde porovnávány mezi sebou pro různé hodnoty vstupů. Pro samotné zarovnání sekvencí jsou zde použity algoritmy jako Needleman-Wunch a X-drop. Pro predikci sekundární struktury RNA je použit Zukerův algoritmus, který by měl odstraňovat některé nedostatky Nussinin algoritmu a samotný Nussinin algoritmus. Rekurze je zde představována pomocí rekurzivních stromů, dynamické programování pomocí skórovací matice. Uživatel má možnost také porovnat rychlosti obou přístupů pro zadané sekvence. Pro zajištění jednoduché dostupnosti se jedná o webovou aplikaci běžící na straně klienta.	cs
dc.description.abstract	Purpose of this thesis is to study principle of effective algorithms, that are using dynamic programming. Using this knowledge to create application demonstrating principle of effective algorithm of dynamic programming in bioinformatics and write a report summarizing results. Algorithms used in this thesis are solving DNA sequence alignment or RNA secondary structure prediction. These algorithms are compared between themselves based on different input values. For DNA sequence alignment are used algorithms such as Needleman-Wunch and X-drop. For prediction of secondary RNA structure is used Zuker algorithm, that should remove some of Nussin algorithm weaknesses and Nussin algorithm itself. Recursion is showed by recursion trees. Dynamic programming is showed by score matrix. User also have ability to compare speed of both approaches for given sequences. It is programmed as web application, that run on client's side. This ensure easy availability.	en
dc.description.mark	C	cs
dc.identifier.citation	FRANĚK, J. Efektivní varianty dynamického programování v bioinformatice [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2020.	cs
dc.identifier.other	129113	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/191690
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	dynamické programování	cs
dc.subject	rekurze	cs
dc.subject	bioinformatika	cs
dc.subject	zarovnání sekvencí DNA	cs
dc.subject	predikce sekundární struktury RNA	cs
dc.subject	dynamic programing	en
dc.subject	recursion	en
dc.subject	bioinformatics	en
dc.subject	DNA sequencing	en
dc.subject	prediction of secondary RNA structure	en
dc.title	Efektivní varianty dynamického programování v bioinformatice	cs
dc.title.alternative	Effective Dynamic Programming in Bioinformatics	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	bachelorThesis	en
dc.type.evskp	bakalářská práce	cs
dcterms.dateAccepted	2020-07-09	cs
dcterms.modified	2020-07-17-15:04:26	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	129113	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.18 19:31:55	en
sync.item.modts	2025.01.15 18:54:36	en
thesis.discipline	Informační technologie	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Bakalářský	cs
thesis.name	Bc.	cs

Efektivní varianty dynamického programování v bioinformatice

Files

Original bundle

Collections