Bipartitní grafy pro analýzu mikrobiomů
| but.committee | prof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (místopředseda) RNDr. Petr Fuchs, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jana Drbohlavová, Ph.D. (člen) Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen) Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Škutková položila otázku: Bude vytvořený balík funkcí dostupný? Jaká je časová náročnost zpracování? Prof. Provazník položil otázku: Jsou použitá data dostupná v databázích? Jaké všechny informace jsou dostupné? Studentka obhájila diplomovou práci. | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Biomedicínské inženýrství a bioinformatika | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Sedlář, Karel | cs |
| dc.contributor.author | Šafárová, Marcela | cs |
| dc.contributor.referee | Provazník, Valentýna | cs |
| dc.date.created | 2017 | cs |
| dc.description.abstract | Mikroorganismy se vyskytují ve velkém množství prakticky všude kolem nás. Některé přežívají dokonce i v našem těle a jsou nutné pro správné fungování organismu. Studium mikrobiálních společenstev na základě souboru jejich genetické informace se stalo velmi populární s rozvojem nových technologií umožňujících snadné čtení DNA či RNA. Klíčovou úlohou těchto studií je obvykle charakterizovat významné mikrobiální vzory prostředí. V současné době využívané vizualizační nástroje však mají pro takové analýzy mnoho nedostatků. Předmětem této práce je návrh R/Bioconductor balíčku pro tvorbu bipartitních grafů z mikrobiálních dat, které mají pro analýzu mikrobiomů mnoho výhod. Benefity této vizualizační metody jsou dále předvedeny na analýze hlavních parametrů ovlivňujících počítačové zpracování mikrobiálních dat. | cs |
| dc.description.abstract | Microorganisms are all around us. Some of them even live in our body and are essential for our healthy being. Study of microbial communities based on their genetic content has become very popular with the development of new technologies, which enable easy reading of DNA or RNA. The key role of these studies is usually to characterize significant microbial patterns of an environment. However, currently used visualization tools have many drawbacks for such analyses. The subject of this thesis is to design a R/Bioconductor package for simple creation of bipartite graphs from microbial data. This type of visualization brings many advantages for microbiome analysis. Benefits of bipartite graphs are further demonstrated by analysis of main parameters affecting computer processing of microbial data. | en |
| dc.description.mark | A | cs |
| dc.identifier.citation | ŠAFÁROVÁ, M. Bipartitní grafy pro analýzu mikrobiomů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017. | cs |
| dc.identifier.other | 102378 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/65484 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | studium mikrobiomů | cs |
| dc.subject | vizualizace dat | cs |
| dc.subject | bipartitní graf | cs |
| dc.subject | detekce komunit | cs |
| dc.subject | OTU picking | cs |
| dc.subject | QIIME | cs |
| dc.subject | study of microbiome | en |
| dc.subject | data visualization | en |
| dc.subject | bipartite graphs | en |
| dc.subject | community detection | en |
| dc.subject | OTU picking | en |
| dc.subject | QIIME | en |
| dc.title | Bipartitní grafy pro analýzu mikrobiomů | cs |
| dc.title.alternative | Bipartite graphs for microbiome analysis | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2017-06-07 | cs |
| dcterms.modified | 2017-06-08-15:30:32 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 102378 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.26 13:27:58 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 15:24:51 | en |
| thesis.discipline | Biomedicínské inženýrství a bioinformatika | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |
Files
Original bundle
1 - 3 of 3
Loading...
- Name:
- final-thesis.pdf
- Size:
- 4.25 MB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- final-thesis.pdf
Loading...
- Name:
- review_102378.html
- Size:
- 5.4 KB
- Format:
- Hypertext Markup Language
- Description:
- file review_102378.html