Využití magnetických nano- a mikro částic při izolaci DNA z vybraných druhů potravin

Abstract

V práci byla ověřována mikrometoda izolace rostlinné DNA z vybraných druhů zeleniny (cibule, brokolice) a potravinových výrobků v kvalitě vhodné pro konvenční polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Mikrometoda umožňuje izolaci DNA pomocí magnetických nosičů z hrubých lyzátů buněk, získaných přímou homogenizací rostlinných tkání. Byly porovnávány různé způsoby zpracování homogenátů. Homogenizace probíhala v lyzačním pufru s obsahem cetyltrimetylamoniumbromidu (CTAB). Byl testován vliv organických extrakčních činidel chloroform-oktanolu a isopropanolu. Z homogenátů byla DNA purifikována reverzibilní adsorpcí na magnetické částice. Byly testovány celkem čtyři různé typy magnetických částic. U izolovaných DNA bylo provedeno spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty. Amplifikovatelnost DNA byla ověřena pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Byly použity dvě sady specifických primerů pro rostlinnou ribosomální DNA (rDNA). Produkty PCR dlouhé 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Byly prokázány rozdíly ve výtěžku a kvalitě DNA v závislosti na způsobu zpracování homogenátů a použitých magnetických nosičích. Navržený postup s dvěma nosiči byl testován pro izolaci DNA z potravinových výrobků obsahujících rostlinný materiál (rostlinné pomazánky). DNA se amplifikovala v PCR. Mikrometoda je vhodná pro DNA analýzu potravin.In thesis was verified micromethod for isolation of plant DNA from different vegetable (onion and broccoli) and plant food products in quality for application in polymerase chain reaction (PCR). The micromethod allows isolation DNA using magnetic particles from crude lysates of cells obtained by direct homogenization of plant tissues. Various methods of processing homogenates were compared. Homogenization was performed by lysis buffer containing cetyltrimethylammonium bromide (CTAB). The effect of the organic extraction agents was tested (chloroform-octanol and isopropanol). DNA was purified from homogenates by reversible adsorption on magnetic particles (four different types of magnetic particles were tested). The quality of isolated DNA was verified by UV spectrophotometry. The amplificabilty of DNA was tested by polymerase chain reaction (PCR). Specific primers for plant ribosomal DNA (rDNA) were used. PCR products of lenght 700 and 220 bp were detected by agarose gel electrophoresis. Differences in yield and quality of DNA were depended on the homogenate processing and magnetic particles used. The proposed procedure with two magnetic particles was tested for the isolation DNA from plan food products (spreads). DNA was amplified in PCR. Micromethod is suitable for DNA analysis of foods.