but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Máte představu, které faktory nejvíce ovlivňují úspěšnost nalezení/sestavení zájmového enzymu? Dokázal by jste ohodnotit časovou a paměťovou náročnost části odpovídající vyhledávání v metagenomických datech.	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Hon, Jiří	cs
dc.contributor.author	Smatana, Stanislav	cs
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	cs
dc.date.accessioned	2019-05-17T07:19:56Z
dc.date.available	2019-05-17T07:19:56Z
dc.date.created	2017	cs
dc.description.abstract	Hlavným cieľom tejto práce bolo navrhnúť a implementovať systém, ktorý by bol na zák- lade vstupnej sekvencie enzýmu schopný vyhľadať v metagenomickej vzorke nové enzýmy s rovnakou funkciou. Aby bolo možné garantovať, že nájdené varianty skutočne katalyzujú rovnakú reakciu, je nutné ich katalytickú funkciu bližšie overiť. Jedným z hlavných prínosov tejto práce je práve návrh, implementácia a testovanie metód pre verifikáciu katalytickej funkcie. Experimenty ukázali, že navrhnuté metódy dosahujú senzitivitu 89%, špecificitu 95%, hodnoty metriky AUC nad 0,9 a v priemere dokážu na osobnom počítači vykonať 1 203 verifikácií za sekundu. Okrem toho bola počas testovania objavená čiastočná sekven- cia nového enzýmu z rady halogénalkán dehalogenáz. Implementovaný systém je schopný fungovať na osobnom počítači, ako aj na distribuovanom systéme typu grid.	cs
dc.description.abstract	This thesis presents specification and implementation of a system for detection of enzymes in metagenomic data. The detection is based on a provided enzyme sequence and its goal is to search the metagenomic sample for its novel variants. In order to guarantee that found enzymes truly have the desired catalytic function, the system employs a number of catalytic function verification methods. Their specification, implementation and evaluation is one of the main contributions of this thesis. Experiments have shown, that proposed methods reach sensitivity as high as 89%, specificity of 95%, values of AUC metric above 0.9 and average throughput of 1,203 verifications per second on regular personal computer. Evaluation of the system also led to discovery of a partial sequence of novel haloalkane dehalogenase enzyme in a metagenomic sample from soil. The implementation is able to work on a personal computer as well as on a grid computing environment.	en
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	SMATANA, S. Vyhledávání enzymů v metagenomických datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2017.	cs
dc.identifier.other	106350	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/69600
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	metagenomika	cs
dc.subject	enzýmy	cs
dc.subject	hľadanie enzýmov	cs
dc.subject	overenie katalytickej funkcie	cs
dc.subject	katalytické miesto	cs
dc.subject	nové enzýmy	cs
dc.subject	katalytická funkcia	cs
dc.subject	halogénalkán dehalogenáza	cs
dc.subject	aktívne miesto	cs
dc.subject	katalytické rezíduá	cs
dc.subject	metagenomics	en
dc.subject	enzymes	en
dc.subject	enzyme detection	en
dc.subject	catalytic function verification	en
dc.subject	catalytic site	en
dc.subject	novel enzymes	en
dc.subject	catalytic function	en
dc.subject	haloalkane dehalogenase	en
dc.subject	active site	en
dc.subject	catalytic residues	en
dc.title	Vyhledávání enzymů v metagenomických datech	cs
dc.title.alternative	Detection of Enzymes in Metagenomic Data	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2017-06-21	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:13:01	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	106350	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2021.11.12 13:12:47	en
sync.item.modts	2021.11.12 12:31:27	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Vyhledávání enzymů v metagenomických datech

Files

Original bundle

Collections