Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.

Simple item page
but.committeeprof.Ing. Marek Penhaker, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (místopředseda) Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (člen) Ing. Markéta Nykrýnová (člen) MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Ronzhina položila otázku zda student věděl o jakou se jedná bakterii. Student obhájil bakalářskou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorNykrýnová, Markétacs
dc.contributor.authorSlavíček, Davidcs
dc.contributor.refereeSedlář, Karelcs
dc.date.accessioned2021-06-17T06:54:49Z
dc.date.available2021-06-17T06:54:49Z
dc.date.created2021cs
dc.description.abstractTato bakalářská práce se zabývá vlivem sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu bakteriálního genomu. V teoretické části byly popsány některé sekvenátory druhéa třetí generace a principy sestavování genomu. V praktické části pak byly použity nasekvenované genomy bakterií z FN Brno. Jedná se o genomy šesti bakterií Klebsiella pneumoniae, které byly nasekvenovány na dvou různých sekvenátorech, Illumina Miseqa Oxford Nanopore Technologies Minion. Tyto genomy byly sestaveny. Pro cgMLST analýzu byly vybrány vhodné geny a vyřazeny genomy, které se nepodařilo sestavit vdostatečné kvalitě. Následně byla cgMLST analýza provedena a výsledky graficky zobrazeny.cs
dc.description.abstractThis bachelor thesis is about influence of sequncers of second and third generationon cgMLST analysis of bacterial genome. In the theoretical section were described selected sequencers of second and third generation and genome assembly principles. In the practical part were assembled six genomes of Klebsiella pneumoniae bacteria from University Hospital Brno. The genomes were sequenced each on two different sequencers, Illumina Miseq and Oxford Nanopore Technologies Minion. The genomes were assembled. Suitable genes were selected and insufficient quality genomes removed for the cgMLST analysis. The cgMLST analysis was performed and the results are shownin graphs.en
dc.description.markEcs
dc.identifier.citationSLAVÍČEK, D. Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů. [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.cs
dc.identifier.other134809cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/198167
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectcgMLSTcs
dc.subjectsekvenacecs
dc.subjectIlluminacs
dc.subjectOxford Nanopore Technologiescs
dc.subjectsestavení genomucs
dc.subjectSPAdescs
dc.subjectcgMLSTen
dc.subjectsequencingen
dc.subjectIlluminaen
dc.subjectOxford Nanopore Technologiesen
dc.subjectgenome assemblyen
dc.subjectSPAdesen
dc.titleVliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.cs
dc.title.alternativeInfluence of second and third generation sequencers on cgMLST analysis of closely-related bacterial strains.en
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2021-06-16cs
dcterms.modified2021-06-18-09:00:35cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid134809en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 08:58:57en
sync.item.modts2021.11.12 08:14:24en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
2.16 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
12.43 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_134809.html
Size:
6.45 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_134809.html
Download
Collections
2021