Metody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomiky

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Martin Černý, Ph.D. (místopředseda) Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (člen) Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen) MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Janoušek položil otázku: Měla jste teoretické podklady pro volbu parametrů metody t-SNE? Ing. Ronzhina položila otázku: Můžete popsat princip metody t-SNE? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorKupková, Kristýnacs
dc.contributor.authorBarilíková, Lujzacs
dc.contributor.refereeProvazník, Ivocs
dc.date.accessioned2019-04-03T22:51:21Z
dc.date.available2019-04-03T22:51:21Z
dc.date.created2018cs
dc.description.abstractRevolučná technológia sekvenovania od spoločnosti Oxford Nanopore Technologies – MinION, predstavuje veľkú nádej v oblasti metagenomiky. Nízka cena, produkovanie dlhých čítaní a prenosnosť, vďaka malým rozmerom, predstavuje len jednu z mnohých výhod tejto technológie. Napriek týmto benefitom je tu však nedostatok dostupných výpočtových nástrojov, ktoré by nám umožnili plne zaobchádzať s produkovanými dátami. V úvode tejto bakalárskej práce sú predstavené terajšie sekvenačné technológie so zameraním sa na technológie tretej generácie, predovšetkým na spomínané nanopórové sekvenovanie. V práci sú uvedené aj súčasné možnosti vizualizácie metagenomických dát. Hlavným cieľom tejto práce je vytvoriť algoritmus, ktorý za pomoci aplikácie metód redukcie dimenzionality priamo na surové dáta, produkované nanopórovým sekvenovaním, bude realizovať tzv. binning metagenomických vzoriek.cs
dc.description.abstractThe revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics. Low cost, produced long reads and portability, due to its small dimensions, represents only one of the many advantages of this technology. Despite the benefits, there is a lack of available computational tools for handling the produced data. The theoretical part of the thesis first introduces current sequencing technologies with main focus on the third-generation sequencing and especially on nanopore sequencing. The recent possibilities of metagenomic data visualization are introduced. The main purpose of the bachelor thesis is to make an algorithm for binning of metagenomic samples based on use of dimensionality reduction techniques straight on raw data produced by nanopore sequencing.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationBARILÍKOVÁ, L. Metody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomiky [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.cs
dc.identifier.other110489cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/82545
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectMetagenomikacs
dc.subjectOxford Nanoporecs
dc.subjectnanopórové sekvenovaniecs
dc.subjectredukcia dimenziícs
dc.subjectMetagenomicsen
dc.subjectOxford Nanoporeen
dc.subjectnanopore sequencingen
dc.subjectdimensionality reductionen
dc.titleMetody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomikycs
dc.title.alternativeMethods of processing Oxford Nanopore sequencing data for metagenomicsen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2018-06-14cs
dcterms.modified2018-06-18-07:32:01cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid110489en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 17:58:59en
sync.item.modts2021.11.12 17:37:58en
thesis.disciplineBiomedicínská technika a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
4.02 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.rar
Size:
487.45 KB
Format:
Unknown data format
Description:
appendix-1.rar
Download
Thumbnail Image
Name:
review_110489.html
Size:
6.11 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_110489.html
Download
Collections
2018