but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. William Steingartner, Ph.D. (člen) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " B ". Otázky u obhajoby: Dle metodiky mapujete vstupní sadu readů na referenční sadu readů jednotlivých rodin transpozonů. Jaké má tento krok výhody oproti mapování vstupních readů na konsensuální sekvence rodin transpozonů? Z experimentálních výsledků plyne, že kvalitu predikce snižuje především proces mapování. Zkoumal jste blíže, proč je kvalita mapování tak nízká resp. napadají vás nějaké možnosti, jak by se jeho úspěšnost dala zvýšit?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Vogel, Ivan	cs
dc.contributor.author	Kmeť, Miroslav	cs
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	cs
dc.date.created	2015	cs
dc.description.abstract	Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.	cs
dc.description.abstract	This master's thesis deals with the creation of a tool for the extraction of methylation level from transposon sequences. Transposons are DNA elements with ability to move or copy themselves and their activity is regulated by DNA methylation. Sequence methylation information is stored in the bisulfite data and their processing is done with parts of two existing tools in a combination with implemented modules. Created tool takes into consideration unique challenges brought in the methylation calling process by transposable elements and it's functionality is presented on a set of experiments with simulated and real data.	en
dc.description.mark	B	cs
dc.identifier.citation	KMEŤ, M. Lokalizace metylačních míst transposonů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2015.	cs
dc.identifier.other	88660	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/52330
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	transpozony	cs
dc.subject	metylace	cs
dc.subject	DNA	cs
dc.subject	bisulfitové sekvenování	cs
dc.subject	next-generation sekvenování	cs
dc.subject	3-písmenové mapování	cs
dc.subject	extrakce metylace	cs
dc.subject	transposons	en
dc.subject	methylation	en
dc.subject	DNA	en
dc.subject	bisulfite sequencing	en
dc.subject	next-generation sequencing	en
dc.subject	3-letter mapping	en
dc.subject	methylation calling	en
dc.title	Lokalizace metylačních míst transposonů	cs
dc.title.alternative	Localization of Methylation Sites in Transposons	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2015-06-22	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:12:04	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	88660	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:20:31	en
sync.item.modts	2025.01.17 10:22:51	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Lokalizace metylačních míst transposonů

Files

Original bundle

Collections