Analýza mikrobiálního složení vybraných probiotických výrobků metodou PCR-HRM

Abstract

Práce byla zaměřena na průkaz probiotických bakterií ve čtyřech různých probiotických výrobcích (probiotický krém, probiotické tampóny, orální probiotikum a sójový nápoj s probiotiky). Byla ověřena viabilita bakterií obsažených ve výrobcích. Z komplexních matric výrobků byla izolována DNA v kvalitě vhodné pro metodu PCR s následnou identifikací deklarovaných bakteriálních rodů a druhů. K amplifikaci pomocí konvenční PCR a PCR v reálném čase byly použity rodově a druhově specifické primery. Ve výrobcích byly prokázány bakterie rodu Lactobacillus a Bacillus a bakteriální druhy Lactobacillus pentosus, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus fermentum a Lactobacillus gasseri. Následně byla testována možnost rozlišení směsi bakteriálních druhů v DNA izolované z probiotického tampónu metodou PCR-HRM. K tomu bylo testováno pět sad primerů. Jako nejvhodnější pro rozlišení byly vyhodnoceny 2 sady primerů (primery P1V1, P2V1 a V1F-HRM, V1R-HRM).This work was focused on the detection of probiotic bacteria in four different probiotic products (probiotic cream, probiotic tampons, oral probiotics and soy beverages with probiotics). The viability of the bacteria contained in the products was verified. Complex matrices of the products were used to isolate DNA in a quality suitable for the PCR method, followed by identification of the declared bacterial genus and species. Amplification was achieved with conventional PCR and real-time PCR, genus- and species-specific primers were used. Bacteria, of the genus Lactobacillus and Bacillus and bacterial species Lactobacillus pentosus, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus fermentum and Lactobacillus gasseri, were proven to be within the products. Subsequently, the DNA from mixed bacterial species in the probiotic tampon were distinguished using PCR-HRM. Five sets of primers were used to test this. Two sets of primers (primers P1V1, P2V1 and V1F-HRM, V1R-HRM) were evaluated as the most suitable for resolution.