Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárních automatů
| but.committee | prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) prof. Ing. Martin Drahanský, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jan Staudek, CSc. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Vysvětlete princip použití evolučního algoritmu pro návrh přechodové funkce CA ve Vaší realizaci. Porovnejte úspěšnost Vaší realizace s jinými metodami (ze všech generací metod predikce SSP). | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Bendl, Jaroslav | cs |
| dc.contributor.author | Brigant, Vladimír | cs |
| dc.contributor.referee | Drahošová, Michaela | cs |
| dc.date.created | 2013 | cs |
| dc.description.abstract | Tato práce popisuje návrh metody predikce sekundární struktury proteinů založenou na celulárních automatech (CA) - CASSP. Optimální parametry modelu a přechodové funkce jsou získany pomocí evolučního algoritmu. Predikční model využíva pouze statistických vlastností aminokyselin, takže je velice rychlý. Dosažené výsledky byly porovnány s výsledky existujících metod. Byla také otestováná společná predikce navrženého systému CASSP s existujícím nástrojem PSIPRED. Nepodařilo se však dosáhnout výsledků, ktoré by tento existujíci nástroj převyšovali. Částečné zlepšení se dosáhlo při predikci pouze motivů sekndární struktury alpha-helix, co může pomoci v případe, že požadujeme co nejpřesenjší predikcii právě těchto motivů. K navrženému systému bylo také vytvořeno webové rozhraní. | cs |
| dc.description.abstract | This work describes a method of the secondary structure prediction of proteins based on cellular automaton (CA) model - CASSP. Optimal model and CA transition rule parameters are acquired by evolutionary algorithm. Prediction model uses only statistical characteristics of amino acids, so its prediction is fast. Achieved results was compared with results of other tools for this purpose. Prediction cooperation with a existing tool PSIPRED was also tested. It didn't succeed to beat this existing tool, but partial improvement was achieved in prediction of only alpha-helix secondary structure motif, what can be helful if we need the best prediction of alpha-helices. It was developed also a web interface of designed system. | en |
| dc.description.mark | C | cs |
| dc.identifier.citation | BRIGANT, V. Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárních automatů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013. | cs |
| dc.identifier.other | 79184 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/53473 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | sekundární struktura proteínů | cs |
| dc.subject | celulární automat | cs |
| dc.subject | proteinové predikce | cs |
| dc.subject | evoluční algoritmus | cs |
| dc.subject | secondary protein structure | en |
| dc.subject | cellular automata | en |
| dc.subject | protein prediction | en |
| dc.subject | evolutionary algorithm | en |
| dc.title | Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárních automatů | cs |
| dc.title.alternative | Prediction of Secondary Structure of Proteins Using Cellular Automata | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2013-06-19 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-09-23:43:31 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 79184 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.26 15:15:11 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 16:07:25 | en |
| thesis.discipline | Bioinformatika a biocomputing | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |