Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
F
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
Theoretical part of the thesis deals with basic concepts such as bacterial genome, comparative genomics and mainly synteny blocks. Here is explained what synteny is and what is its importance. In the theoretical part, the GenBank format is also mentioned, its content and usage. The practical part is focused on searching similarities in DNA sequences of reference bacteria with selected bacteria, their sorting by means of greedy algorithm and visualization of similarities using phylogenetic tree.
Theoretical part of the thesis deals with basic concepts such as bacterial genome, comparative genomics and mainly synteny blocks. Here is explained what synteny is and what is its importance. In the theoretical part, the GenBank format is also mentioned, its content and usage. The practical part is focused on searching similarities in DNA sequences of reference bacteria with selected bacteria, their sorting by means of greedy algorithm and visualization of similarities using phylogenetic tree.
Description
Citation
MARTINKOVÁ, T. Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Martin Augustynek, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Ing. Jiří Sekora (člen)
MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Vladan Bernard, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2018-06-14
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Studentka nereagovala na oba posudky a neobhájila tak bakalářskou práci.
Result of defence
práce nebyla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení