Zpracování unikátních molekulárních indexů bez mapování k referenčnímu genomu
| but.committee | doc. Ing. Daniel Schwarz, Ph.D. (předseda) Ing. Helena Vítková, Ph.D. (místopředseda) Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (člen) Ing. Martin Lamoš, Ph.D. (člen) Ing. Jakub Hejč, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Hejč položil otázku, co byla Vaše implementace a co bylo převzato? Ing. Škutková položila otázku, jak byly srovnávány nástroje, co bylo bráno jako standard? Jak byla zvolena reference pro UMI-tools? Doc. Schwarz položil otázku, jak byla vytvořena simulovaná data? Ing. Škutková položila doplňující otázku, jaká technologie sekvenování byla simulována? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta. | cs |
| but.jazyk | angličtina (English) | |
| but.program | Biomedicínské inženýrství a bioinformatika | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Sedlář, Karel | en |
| dc.contributor.author | Barilíková, Lujza | en |
| dc.contributor.referee | Demko, Martin | en |
| dc.date.created | 2020 | cs |
| dc.description.abstract | Hlavným cieľom tejto práce je návrh nového algoritmu k spracovaniu unikátnych molekulárnych indexov bez mapovania na referenčný genóm. O tieto náhodné oligonukleotidové sekvencie neustále vzrastá záujem, pretože uľahčujú rozpoznávať PCR chyby a skresľovanie údajov. Keďže používanie technológií sekvenovania novej generácie neustále rastie, je vynaložené veľké úsilie vyvíjať nástroje pre analýzu produkovaných dát. V súčasnosti sú nástroje na riešenie týchto chýb relatívne časovo náročné a zložité z dôvodu výpočtovo náročného zarovnania. Najdôležitejšie obmedzenie týchto nástrojov spočíva v skutočnosti, že pri spracovávaní duplikátov sú povolené multi-mapované čítania. Tieto čítania sú zvyčajne ignorované, čo môže viesť k zníženiu kvantitatívnej presnosti a spôsobiť zavádzajúcu interpretáciu výsledkov daného sekvenovania. V snahe vyriešiť tento problém je v tejto práci uvedený nový prístup, ktorý umožňuje odhad absolútneho počtu jedinečných molekúl s relatívne rýchlym a spoľahlivým spôsobom. | en |
| dc.description.abstract | The main purpose of this thesis is to design a new algorithm for processing unique molecular identifiers (UMIs) without mapping to a reference genome. These random oligonucleotide sequences are attracting an increasing interest due to its ability to facilitate PCR error and bias recognition. Since there has been a rapid rise in the use of next-generation sequencing (NGS) technologies, great effort has been put into the development of tools for data analysis. At present, tools to solve these errors are usually relative time-consuming and complex due to computationally demanding alignment. The most important limitation of these tools lies in the fact that multi-mapping reads are allowed when processing duplicates. These reads are usually ignored and may lead to a reduction of quantitative accuracy and cause misleading interpretation of sequencing results. In order to solve this problem, a new approach is introduced in this thesis, which allows estimating the absolute number of unique molecules with relatively fast and reliable performance. | cs |
| dc.description.mark | A | cs |
| dc.identifier.citation | BARILÍKOVÁ, L. Zpracování unikátních molekulárních indexů bez mapování k referenčnímu genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020. | cs |
| dc.identifier.other | 126827 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/189147 | |
| dc.language.iso | en | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | unikátne molekulárne identifikátory (UMI) | en |
| dc.subject | nová generácia sekvenovania | en |
| dc.subject | PCR chyby | en |
| dc.subject | duplikáty | en |
| dc.subject | unique molecular identifier (UMI) | cs |
| dc.subject | next-generation sequencing | cs |
| dc.subject | PCR error | cs |
| dc.subject | duplicates | cs |
| dc.title | Zpracování unikátních molekulárních indexů bez mapování k referenčnímu genomu | en |
| dc.title.alternative | Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome | cs |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2020-06-16 | cs |
| dcterms.modified | 2020-06-19-13:01:38 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 126827 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.26 14:22:52 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 19:24:49 | en |
| thesis.discipline | bez specializace | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |
Files
Original bundle
1 - 3 of 3
Loading...
- Name:
- final-thesis.pdf
- Size:
- 4.19 MB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- final-thesis.pdf
Loading...
- Name:
- review_126827.html
- Size:
- 6.92 KB
- Format:
- Hypertext Markup Language
- Description:
- file review_126827.html