Hledání guaninových kvadruplexů v DNA pomocí rozhodovacích stromů

Abstract

Tato bakalářská práce se zaměřuje na vytvoření funkčního modelu rozhodovacího stromu pro detekci guaninových kvadruplexů v DNA. První část práce se věnuje shrnutí poznatků z oblasti lokálních struktur DNA, výpočetní predikce guaninových kvadruplexů a teorie rozhodovacích stromů. Druhá část práce se zabývá tvorbou modelu rozhodovacího stromu pro detekci kvadruplexů a následně statistickým porovnáním výsledků této metody s algoritmem G4Hunter.This bachelor’s thesis is focused on creating a functional decision tree model for detection of guanine quadruplexes in the DNA. The first part of the thesis summarizes theoretical knowledge in the fields of local DNA structures, computational prediction methods of guanine quadruplexes and decision trees. The second part describes the creation of a decision tree model, followed by a statistical comparison of the results with the G4Hunter algorithm.