but.committee	prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda) doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen) doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen) doc. Ing. Adriána Kovalčík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (člen) prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc., oponent (člen) doc. RNDr. Andrea Ševčovičová, Ph.D., oponent (člen)	cs
but.defence	Ve své powerpointové prezentaci doktorandka představila podstatné výsledky své dizertační práce. Byly přečteny dva posudky a doporučovaly práci k obhajobě. Disertační práce je svou problematikou zaměřena na molekulární diagnostiku vybraných druhů bakterií mléčného kvašení, které jsou využívány v potravinářském průmyslu a jsou součástí probiotických preparátů. Zvolené téma disertace lze považovat za aktuální. Konkrétní dotazy jsou uvedeny na přiložených lístcích, které se archivují. V rámci všeobecné rozpravy vystoupila i konzultantka Dr. Trachtová, která kladně zhodnotila přístup doktorandky k dizertační práci.Doktorandka uspokojivým způsobem zodpověděla odborné dotazy oponentů uvedené v posudcích a členů komise vzešlé z diskuze. Nicméně doktorandka nepřikládala dostatečný význam připomínkám oponentů k formální stránce práce, která je v současné podobě nepřijatelná. Je nezbytné přepracovat práci jakpo formální stránce (struktura a členění kapitol), tak i pro stránce vyhodnocení a interpretace výsledků a formulace závěrů. Komise doporučuje důsledně respektovat veškeré přiomínky oponentů. Komise dále doporučuje studentce přepracovat práci v co nejkratší době a požádat děkana o umožnení obhajoby ihned po odevzdání přepracované verze.	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Chemie a technologie potravin	cs
but.result	práce nebyla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Španová, Alena	cs
dc.contributor.author	Konečná, Jana	cs
dc.contributor.referee	Ševčovičová,, Andrea	cs
dc.contributor.referee	Doškař, Jiří	cs
dc.date.accessioned	2021-11-22T14:59:35Z
dc.date.available	2021-11-22T14:59:35Z
dc.date.created		cs
dc.description.abstract	Izolace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) je velmi důležitým krokem v molekulární diagnostice mikroorganismů. Pro amplifikaci DNA polymerázovou řetězovou reakcí (PCR) je nezbytná vysoká kvalita izolované DNA. Izolace DNA pomocí konvenční fenol–chloroformové extrakce a srážení DNA ethanolem je časově náročná a vyžaduje použití toxického fenolu. Magnetické separační techniky využívající magnetické pevné částice jsou jednou z moderních metod, které urychlují izolaci nukleových kyselin. Cílem této práce bylo ověřit použití dvou různých typů magnetických částic pro extrakci DNA na pevné fázi. Množství DNA v separační směsi bylo měřeno za použití ultrafialové spektrofotometrie (UV). Metoda byla testována nejprve na DNA z kuřecích erytrocytů. Pro adsorpci DNA na magnetické částice byl použit fosfátový pufr (pH 7, 7,6 a 8). Ukázalo se, že přibližně polovina DNA byla adsorbována na částice. Eluční podmínky DNA byly také optimalizovány. Poté byla testována bakteriální DNA a metoda použita k izolaci z reálných vzorku potravinových doplňků stravy. Tato DNA eluovaná z částic byla v kvalitě pro PCR. Vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM) je jednoduchá a levná metoda, použivána pro diskriminaci amplikonů po polymerázové řetězové reakci (PCR) v reálném čase. V této práci byla testována HRM-PCR pro rychlou identifikaci kmenů patřících do skupiny Lactobacillus. Byly použity tři různé metody izolace DNA: fenolová extrakce, separace pomocí magnetických částic a izolace pomocí komerčního kitu. K amplifikaci genu 16S rRNA bylo testováno 10 párů primerů pro cílové genové fragmenty (LAC1 - LAC2, LAC2 - LAC4, P1V1 - P2V1, Gro F - GroR, 3BA - 338f - Primer 1, V1F - V1R, CHAU - V3F - CHAU - V3R, CHAU - V6F - CHAU - V6R, poxcDNAFw - poxPromRVC, poxcDNAFw - poxPromRVT). Použitím párů primerů GroF/R a LAC2/4 byly úspěšně identifikovány druhy patřící do rodu Lactobacillus. Byly zjištěny rozdíly mezi použitými metodami extrakce z křivek tání HRM – PCR analýz.	cs
dc.description.abstract	Isolation of deoxyribonucleic acid (DNA) is an important step in the molecular diagnostics of microorganisms. A high quality of isolated DNA is necessary for DNA amplification by the polymerase chain reaction (PCR). The conventional DNA isolation using phenol chloroform extraction and DNA precipitation in ethanol is time consuming and requires the use of toxic phenol. Magnetic separation techniques using magnetic solid particles are one of modern methods to speed up the nucleic acids isolation. The aim of this work was to use two different types of magnetic particles for solidphase DNA extraction. The amounts of DNA in separation mixtures were measured using ultraviolet spectrophotometry (UV). The first experimental conditions were tested on chicken erythrocytes DNA. Phosphate buffer (pH 7, 7.6 and 8) was used for adsorption of DNA on magnetic particles. It was shown that approximately almost one half of DNA was adsorbed to the particles. The elution conditions of DNA were also optimized. Secondly, bacterial DNA was tested. This DNA eluted from the particles was in PCR ready quality. High resolution melting (HRM) curve analysis is a simple, low-cost method for amplicon discrimination and easy connection with real-time polymerase chain reaction (PCR). In this contribution, we report rapid species identification of strains belonging to the Lactobacillus group using HRM-PCR. Three different DNA isolation methods were used in this work: phenol extraction, separation using magnetic particles and commercial kit. Ten sets of targeted gene fragments primers (LAC1 – LAC2, LAC2 – LAC4, P1V1 – P2V1, Gro F – Gro R, 3BA-338f – Primer 1, V1F – V1R, CHAU - V3F – CHAU - V3R, CHAU - V6F – CHAU - V6R, poxcDNAFw – poxPromRVC, poxcDNAFw – poxPromRVT) were tested for amplification of the 16S rRNA gene. Use of GroF/R and LAC2/4 primers pairs successfully identify strains belong to the Lactobacillus group. The variance between used extraction methods for evidence of HRM curves was found.	en
dc.description.mark	P	cs
dc.identifier.citation	KONEČNÁ, J. PROBIOTICKÉ GENY POTRAVINÁŘSKY VÝZNAMNÝCH BAKTERIÍ MLÉČNÉHO KVAŠENÍ [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. .	cs
dc.identifier.other	113581	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/178199
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Lactobacillus	cs
dc.subject	Magnetické částice	cs
dc.subject	Extrakce na pevné fázi	cs
dc.subject	Izolace deoxyribonukleové kyseliny	cs
dc.subject	Polymerázová řetězová reakce	cs
dc.subject	Vysokorozlišovací analýza křivek tání	cs
dc.subject	Lactobacillus	en
dc.subject	Magnetic particles	en
dc.subject	Solid-phase extraction	en
dc.subject	Deoxyribonucleic acid isolation	en
dc.subject	Polymerase chain reaction	en
dc.subject	High-Resolution Melting Analysis	en
dc.title	PROBIOTICKÉ GENY POTRAVINÁŘSKY VÝZNAMNÝCH BAKTERIÍ MLÉČNÉHO KVAŠENÍ	cs
dc.title.alternative	PROBIOTIC GENES OF SIGNIFICANT LACTIC ACID BACTERIA IN FOOD	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	doctoralThesis	en
dc.type.evskp	dizertační práce	cs
dcterms.modified	2019-05-23-13:06:57	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta chemická	cs
sync.item.dbid	113581	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2021.11.23 00:17:35	en
sync.item.modts	2021.11.22 23:48:52	en
thesis.discipline	Potravinářská chemie	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav chemie potravin a biotechnologií	cs
thesis.level	Doktorský	cs
thesis.name	Ph.D.	cs

PROBIOTICKÉ GENY POTRAVINÁŘSKY VÝZNAMNÝCH BAKTERIÍ MLÉČNÉHO KVAŠENÍ

Files

Original bundle

Collections