Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.
This thesis is dealing with quality assessment of multiple sequence alignments. It contains literature review of public available tools of multiple sequence alignments. The main part of this thesis focuses on the program on quality assessment of multiple sequence alignments (created with the help of various tools, using different settings, etc.). The program has a graphical user interface created in Matlab and is enclosed together with a set of nucleotide and protein sequences compiled for program testing and aplication. Last but not least, the thesis contains the assessment of public available tools resulting from program outputs.
This thesis is dealing with quality assessment of multiple sequence alignments. It contains literature review of public available tools of multiple sequence alignments. The main part of this thesis focuses on the program on quality assessment of multiple sequence alignments (created with the help of various tools, using different settings, etc.). The program has a graphical user interface created in Matlab and is enclosed together with a set of nucleotide and protein sequences compiled for program testing and aplication. Last but not least, the thesis contains the assessment of public available tools resulting from program outputs.
Description
Citation
PELIKÁNOVÁ, V. Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda)
MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (místopředseda)
Dr. Ing. Vlastimil Vondra (člen)
Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen)
Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2016-06-15
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Prof. Provazník položil otázku: co znamená žlutý signál? Co znamená zelený signál? Jak byly tyto signály vytvořeny?
Dr. Vondra položil otázku: byly webové nástroje propojeny přímo s MATLABem?
Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení