but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Vladimír Janoušek, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jan Platoš, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " B ". Otázky u obhajoby: Můžete uvést, kolik procent homologních sekvencí (sekvencí vybraných prvním krokem algoritmu), bylo při testech odfiltrováno jednotlivými metodami, protože neobsahovaly požadovaná katalytická rezidua?	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Martínek, Tomáš	en
dc.contributor.author	Gajdoš, Pavel	en
dc.contributor.referee	Burgetová, Ivana	en
dc.date.accessioned	2020-06-23T07:15:28Z
dc.date.available	2020-06-23T07:15:28Z
dc.date.created	2016	cs
dc.description.abstract	Tato práce se zabývá vyhledáváním homologních enzymů v proteinových databázích, jejímž cílem je navrhnout nástroj poskytující takové vyhledávání. Čtenář se seznámí se základní teorií týkající se proteinů, enzymů, homologie, ale také s existujícími nástroji pro vyhledávání homologních proteinů a enzymů. Dále je popsáno ohodnocení nalezených existujících nástrojů pro vyhledávání homologních enzymů. Pro potřeby vyhodnocení byla vytvořena datová sada spolu s algoritmem pro vyhodnocení vyýsledků jednotlivých nástrojů. Další částí práce je návrh a implementace nové metody pro vyhledávání homologních enzymů společně s jejím vyhodnocením. Jsou popsány dva algoritmy (One-by-One a MSA) pro vyhledávání homologních enzymů, jejichž porovnání ukazuje, že MSA algoritmus je zanedbatelně lepší z hlediska přesnosti než One-by-One algoritmus zatímco z hlediska rychlosti vítězí One-by-One algoritmus.	en
dc.description.abstract	This work deals with detection of homologous enzymes in protein databases. Its goal is to design a tool providing such a search. The reader is familiarized with a basic theoretical knowledge regarding proteins, enzymes, homology, but also with existing tools for detection of homologous proteins and enzymes. The further concern of this work is with evaluation of existing tools for detection of homologous enzymes. For the purpose of assessment, a testing dataset was created altogether with an algorithm for evaluation of particular tools. The next part comprises a design and implementation of a new method for detection of homologous enzymes altogether with its evaluation. Two algorithms (One-by-One algorithm and MSA algorithm) for detection of homologous enzymes are presented and compared showing that MSA algorithm is insignificantly better than One-by-One algorithm in terms of accuracy whereas in the matter of speed the latter algorithm prevails.	cs
dc.description.mark	B	cs
dc.identifier.citation	GAJDOŠ, P. Vyhledávání homologních enzymů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2016.	cs
dc.identifier.other	96333	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/61901
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Vyhledávání	en
dc.subject	detekce	en
dc.subject	homologie	en
dc.subject	enzymy	en
dc.subject	proteiny	en
dc.subject	aktivní místo	en
dc.subject	proteinová databáze	en
dc.subject	CSA	en
dc.subject	SCOPe	en
dc.subject	PFAM	en
dc.subject	UniProt	en
dc.subject	nová metoda.	en
dc.subject	Detection	cs
dc.subject	search	cs
dc.subject	homology	cs
dc.subject	enzymes	cs
dc.subject	proteins	cs
dc.subject	active site	cs
dc.subject	protein database	cs
dc.subject	CSA	cs
dc.subject	SCOPe	cs
dc.subject	PFAM	cs
dc.subject	UniProt new method.	cs
dc.title	Vyhledávání homologních enzymů	en
dc.title.alternative	Detection of Homologous Enzymes	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2016-06-20	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:12:25	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	96333	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2021.11.12 17:14:53	en
sync.item.modts	2021.11.12 16:14:45	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Vyhledávání homologních enzymů

Files

Original bundle

Collections