Vizualizace sekundárních struktur DNA v prostředí R/Bioconductor
| but.committee | prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. RNDr. Jitka Kreslíková, CSc. (místopředseda) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen) Ing. Michal Španěl, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B. Otázky u obhajoby: Na kolika různých triplexech a palindromech jste vizualizační algoritmy testovala? Bylo by možné rozšířit 2D vizualizaci i na kvadruplexy? Dokážete odhadnout, jak by to bylo náročné? | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Martínek, Tomáš | cs |
| dc.contributor.author | Jaroš, Marta | cs |
| dc.contributor.referee | Bendl, Jaroslav | cs |
| dc.date.accessioned | 2020-06-23T09:00:49Z | |
| dc.date.available | 2020-06-23T09:00:49Z | |
| dc.date.created | 2014 | cs |
| dc.description.abstract | Tato bakalářská práce se zabývá zobrazovacími technikami sekundárních struktur DNA. Shrnuje a rozebírá některé současné metody vizualizace. Objasňuje problém a jeho význam z hlediska molekulární biologie. Cílem práce je návrh obecného algoritmu pro vizualizaci sekundárních struktur DNA, konkrétně palindromických a triplexových struktur a jeho implementace do prostředí R/Bioconductor. Zaměřuje se zejména na oblast 2D grafického zobrazování zmíněných sekundárních struktur DNA. Výsledkem práce je vytvořená 2D grafická podpora pro softwarové balíčky určené pro prostředí R/Bioconductor, které zabezpečují vyhledávání charakteristických sekvencí palindromů a triplexů v sekvencích DNA. | cs |
| dc.description.abstract | This bachelors thesis deals with the visualization techniques of the secondary structures of DNA. It summarizes and discusses some of the current methods of visualization. It explains the problem and its importance from the standpoint of molecular biology. The main aim of the work is the design of a generic algorithm for visualization of secondary structures of DNA, specifically palindromes and triplexes, and its implementation into the environment R/Bioconductor. It focuses in particular on the area of 2D graphical imaging of these secondary structures of DNA. The result of the work is 2D visualization support for R/Bioconductors software packages which provide searching of the characteristic sequence of palindromes and triplexes in DNA sequences. | en |
| dc.description.mark | B | cs |
| dc.identifier.citation | JAROŠ, M. Vizualizace sekundárních struktur DNA v prostředí R/Bioconductor [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2014. | cs |
| dc.identifier.other | 79736 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/56589 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | DNA | cs |
| dc.subject | sekundární struktury | cs |
| dc.subject | palindrom | cs |
| dc.subject | triplex | cs |
| dc.subject | vizualizace | cs |
| dc.subject | 2D | cs |
| dc.subject | diagram | cs |
| dc.subject | jazyk R | cs |
| dc.subject | Bioconductor | cs |
| dc.subject | DNA | en |
| dc.subject | secondary structures | en |
| dc.subject | palindrome | en |
| dc.subject | triplex | en |
| dc.subject | visualization | en |
| dc.subject | 2D | en |
| dc.subject | diagram | en |
| dc.subject | R language | en |
| dc.subject | Bioconductor | en |
| dc.title | Vizualizace sekundárních struktur DNA v prostředí R/Bioconductor | cs |
| dc.title.alternative | Visualization of DNA Secondary Structures in R/Bioconductor | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | bachelorThesis | en |
| dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2014-06-19 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-10-16:11:32 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 79736 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2021.11.12 12:00:23 | en |
| sync.item.modts | 2021.11.12 11:35:17 | en |
| thesis.discipline | Informační technologie | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů | cs |
| thesis.level | Bakalářský | cs |
| thesis.name | Bc. | cs |