Metody predikce sekundární struktury RNA

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (místopředseda) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen) Ing. Kateřina Jurečková (člen) MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. MUDr. Gumulec položil otázku, jestli dochází ke změně sekundární struktury RNA s časem? Proč RNA sekvence obsahovaly pouze 25 nukleotidů? Jaká byla časová náročnost použitých algoritmů? Doc. Hozman položil otázku, jak se tvořil trénovací dataset? Existuje závislost mezi délkou sekvence a úspěšností predikce? Ing. Smital položil otázku, stoupá-li náročnost výpočtu lineárně se zvětšující se délkou sekvence? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorJurečková, Kateřinacs
dc.contributor.authorPolzerová, Nikolacs
dc.contributor.refereeMusilová, Janacs
dc.date.accessioned2021-06-18T06:54:26Z
dc.date.available2021-06-18T06:54:26Z
dc.date.created2021cs
dc.description.abstractTato bakalářská práce pojednává o sekundární struktuře RNA a konkrétně se zaměřuje na její predikci. Popisuje nejrůznější elementy sekundární struktury a představuje některé metody predikce. V rámci bakalářské práce byly implementovány tři výpočetní metody predikce v programovacím prostředí MATLAB. Konkrétně se jedná o algoritmus Nussinové, Zukerův algoritmus a metodu Crumple. Implementované algoritmy přistupovaly k predikci buď na základě maximalizace bázových párů, nebo minimalizace volné energie. Jejich funkce byla ověřena na vytvořeném datasetu a výsledky byly srovnány se známou sekundární strukturou.cs
dc.description.abstractThis bachelor thesis discuss RNA secondary structure and it’s prediction in particular. It describes various secondary structure elements and presents some secondary structure prediction methods. Within the framework of bachelor thesis, three computational methods for secondary structure prediction were implemented in programming and numeric computing platform MATLAB. These methods are Nussinov algorithm, Zuker algorithm and Crumple method. Implemented algorithms approched the prediction in terms of base pair maximalization or free energy minimalization. Their function was verified on the created dataset and the results were compared with known secondary structures.en
dc.description.markBcs
dc.identifier.citationPOLZEROVÁ, N. Metody predikce sekundární struktury RNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.cs
dc.identifier.other134377cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/198496
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectRNAcs
dc.subjectsekundární struktura RNAcs
dc.subjectmaximalizace bázovách párůcs
dc.subjectminimalizace volné energie algoritmus podle Nussinovécs
dc.subjectalgoritmus podle Zukeracs
dc.subjectalgoritmus pro metodu Crumplecs
dc.subjectRNAen
dc.subjectRNA secondary structureen
dc.subjectbase pairs maximalizationen
dc.subjectfree energy minimalizationen
dc.subjectNussinov algorithmen
dc.subjectZuker algortihmen
dc.subjectCrumple methoden
dc.titleMetody predikce sekundární struktury RNAcs
dc.title.alternativeMethods for prediction of RNA secondary structureen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2021-06-17cs
dcterms.modified2021-06-18-09:00:35cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid134377en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 21:59:50en
sync.item.modts2021.11.12 21:11:09en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.5 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
33.92 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_134377.html
Size:
6.25 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_134377.html
Download
Collections
2021