Analýza nástrojů pro zjišťování podobnosti terciárních struktur proteinů
| but.committee | prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Vladimír Drábek, CSc. (místopředseda) doc. Ing. Radek Burget, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. Petr Schwarz, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C . Otázky u obhajoby: Ako hodnotíte pokrok v oblasti nástrojov na zarovnanie proteínových štruktúr, ak berieme do úvahy výsledky štúdie, z ktorej ste vychádzali, a Vaše výsledky? Boli medzi týmito dvoma štúdiami nejaké odlišnosti z pohľadu metodológie experimentov? | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Bendl, Jaroslav | cs |
| dc.contributor.author | Trlica, Jiří | cs |
| dc.contributor.referee | Vogel, Ivan | cs |
| dc.date.accessioned | 2019-04-03T22:45:01Z | |
| dc.date.available | 2019-04-03T22:45:01Z | |
| dc.date.created | 2013 | cs |
| dc.description.abstract | Porovnání trojrozměrných struktur proteinů má zásadní význam pro molekulární biologii. Jedním z nejvýznamnějších je možnost odvodit funkci neznámého proteinu od strukturně podobného proteinu, jehož funkce je již známá. Nástrojů pro zarovnání struktur existuje celá řada. V rámci této práce bylo vybráno pouze pět z nich, lišících se různými principy výpočtu. Kvalita nástrojů byla ověřena na třech proteinech z hlavních proteinových tříd (all-α, all-β, α/β), které byly zarovnány vůči podmnožině struktur z databáze PDB čítající 2 357 proteinů. Výsledky byly vizualizovány prostřednictvím ROC křivek a nástroje srovnány podle hodnoty ploch pod těmito křivkami (metrika AUC). Podle této metriky byl nejúspěšnějším nástrojem SPALIGN. | cs |
| dc.description.abstract | Alignment of the three-dimensional structures of proteins is an essential task in bioinformatics. Because there are many tools offering this functionality, only a limited subset of them was chosen for comparison (DALI, LOCK 2, SPALIGN, MUSTANG and CLICK). These tools vary in the principle of calculation. Their performance was measured on three proteins, which represent main protein classes (all-α, all-β, α/β). These proteins were tested against a subset of PDB database containing 2 357 records. The results were visualized by ROC curves and the tools were compared by their area under ROC curve (AUC metric). According to this metric, the best results were obtained for SPALIGN. | en |
| dc.description.mark | C | cs |
| dc.identifier.citation | TRLICA, J. Analýza nástrojů pro zjišťování podobnosti terciárních struktur proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013. | cs |
| dc.identifier.other | 79499 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/54854 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | Aminokyselina | cs |
| dc.subject | proteinové struktury | cs |
| dc.subject | zarovnání proteinových struktur | cs |
| dc.subject | porovnání proteinových foldů | cs |
| dc.subject | software pro strukturní zarovnání | cs |
| dc.subject | DALI | cs |
| dc.subject | LOCK | cs |
| dc.subject | MUSTANG | cs |
| dc.subject | SPALIGN | cs |
| dc.subject | CLICK | cs |
| dc.subject | ROC. | cs |
| dc.subject | Amino acid | en |
| dc.subject | protein structures | en |
| dc.subject | protein structure alignment | en |
| dc.subject | protein fold comparison | en |
| dc.subject | structural alignment software | en |
| dc.subject | DALI | en |
| dc.subject | LOCK | en |
| dc.subject | MUSTANG | en |
| dc.subject | SPALIGN | en |
| dc.subject | CLICK | en |
| dc.subject | ROC. | en |
| dc.title | Analýza nástrojů pro zjišťování podobnosti terciárních struktur proteinů | cs |
| dc.title.alternative | Analysis of the Tools for Detecting Similarities between Tertiary Protein Structures | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | bachelorThesis | en |
| dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2013-06-13 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-10-16:11:20 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 79499 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2021.11.10 14:03:14 | en |
| sync.item.modts | 2021.11.10 13:44:48 | en |
| thesis.discipline | Informační technologie | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů | cs |
| thesis.level | Bakalářský | cs |
| thesis.name | Bc. | cs |