but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Milan Češka, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " C ". Otázky u obhajoby: V oddíle 6.6 uvádíte, že rozdíl mezi TDP procesoru a odhadovanou spotřebou celé platformy je největší pro uzly Anselmu a Salomonu. Jakým způsobem byl získán odhad celkové spotřeby jednotlivých platforem? Jakým způsobem je zahrnuta spotřeba chlazení do spotřeby uzlů Salomonu uvažujeme-li, že Salomon používá vodní chlazení na úrovni celého superpočítačového centra? V oddíle 6.2 uvádíte graf silného škálování na uzlu Salomonu, ze kterého se zdá, že při využití více než 8-12 jader dochází k jeho znatelnému zhoršení. Může toto chování být způsobeno NUMA architekturou uzlu? Která část algoritmu je nejvíce ovlivněna NUMA architekturou? Jaký vliv mělo na rychlost algoritmu nahrazení některých DFT za DTT?	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Jaroš, Jiří	en
dc.contributor.author	Kukliš, Filip	en
dc.contributor.referee	Vaverka, Filip	en
dc.date.created	2018	cs
dc.description.abstract	Simulácia šírenia ultrazvuku prostredníctvom mäkkých biologických tkanív má širokú škálu praktických aplikácií. Patria sem dizajn prevodníkov pre diagnostický a terapeutický ultrazvuk, vývoj nových metód spracovania signálov a zobrazovacích techník, štúdium anomálií ultrazvukových lúčov v heterogénnych médiách, ultrazvuková klasifikácia tkanív, učenie rádiológov používať ultrazvukové zariadenia a interpretáciu ultrazvukových obrazov, modelové vrstvenie medicínskeho obrazu a plánovanie liečby pre ultrazvuk s vysokou intenzitou. Ultrazvuková simulácia však predstavuje výpočtovo zložitý problém, pretože simulačné domény sú veľmi veľké v porovnaní s akustickými vlnovými dĺžkami, ktoré sú predmetom záujmu. Ale ak je problém osovo symetrický, problém môže byť riešený v 2D.To umožňuje spúšťanie simulácií na mriežke s väčším počtom bodov, s menším využitím výpoč- tových zdrojov za kratšiu dobu. Táto práca modeluje a implementuje zrýchlenie vlnovej nelineárnej ultrazvukovej simulácie v axisymetrickom súradnicovom systéme realizovanom v Matlabe pomocou Mex súborov pre diskrétne sínové a kosínové transformácie. Axisymetrická simulácia bola implementovaná v C++ ako open source rozšírenie K-WAVE toolboxu. Kód je optimalizovaný na beh na jednom uzle superpočítaču Salomon (IT4Innovations, Ostrava, Česká republika) s dvoma dvanásť-jadrovými procesormi Intel Xeon E5-2680v3. Na maximalizáciu výpočtovej efektívnosti boli vykonané viaceré optimalizácie kódu. Po prvé, fourierové tramsformácie boli vypočítané pomocou real-to-complex FFT z knižnice FFTW. V porovnaní s complex-to-complex FFT to znížilo čas výpočtu a pamäť spojenú s výpočtom FFT o takmer 50%. Taktiež diskrétne sínové a kosínové transformácie sa počítali pomocou knižnice FFTW, ktoré v Matlab verzii museli byť vyvolané z dynamicky načítaných MEX súborov. Po druhé, aby sa znížilo zaťaženie priepustnosti pamäte, boli všetky operácie počítané jednoduchej presnosti pohyblivej rádovej čiarky. Po tretie, elementárne operá- cie boli paralelizované pomocou OpenMP a potom vektorizované pomocou rozšírení SIMD (SSE). Celkový výpočet C++ verzie je až do 34-násobne rýchlejší a využíva menej ako tretinu pamäte ako Matlab verzia simulácie. Simulácia ktorá by trvala takmer dva dni tak môže byť vypočítaná za jeden a pol hodinu. Toto všetko umožňuje počítať simuláciu na výpočetnej mriežke s veľkosťou 16384 × 8192 bodov v primeranom čase.	en
dc.description.abstract	The simulation of ultrasound propagation through soft biological tissue has a wide range of practical applications. These include the design of transducers for diagnostic and therapeutic ultrasound, the development of new signal processing and imaging techniques, studying the aberration of ultrasound beams in heterogeneous media, ultrasonic tissue classification, training ultrasonographers to use ultrasound equipment and interpret ultrasound images, model-based medical image registration, and treatment planning and dosimetry for high-intensity focused ultrasound. However, ultrasound simulation presents a computationally difficult problem, as simulation domains are very large compared with the acoustic wavelengths of interest. But if the problem is axisymmetric, the governing equations can also be solved in 2D. This allows running simulations with larger grid size, with less computational resources and in a shorter time. This paper model and implements an acceleration of the Full-wave Nonlinear Ultrasound Simulation in an Axisymmetric Coordinate System implemented in Matlab using Mex Files for FFTW DST and DCT transformations. The axisymmetric simulation was implemented in C++ as an extension to the open source K-WAVE toolbox. The codes were optimized to run using one node of Salomon supercomputer cluster (IT4Innovations, Ostrava, Czechia) with two twelve-core Intel Xeon E5-2680v3 processors. To maximize computational efficiency, several stages of code optimization were performed. First, the FFTs were computed using the real-to-complex FFT from the FFTW library. Compared to the complex-to-complex FFT, this reduced the compute time and memory associated with the FFT by nearly 50%. Also, real-to-real DCTs and DSTs were computed using FFTW library, which ones in Matlab version, had to be invoked from dynamically loaded MEX Files. Second, to save memory bandwidth, all operations were computed in single precision. Third, element-wise operations were parallelized using OpenMP and then optimized using streaming SIMD extensions (SSE). The overall computation of the C++ k-space model is up to 34-times faster and uses less than one-third of the memory than Matlab version. The simulation which would take nearly two days by Matlab implementation can be now computed in one and half hour. This all allows running the simulation on the computational grid with 16384 × 8192 grid points within a reasonable time.	cs
dc.description.mark	C	cs
dc.identifier.citation	KUKLIŠ, F. Akcelerace ultrazvukových simulací pro axisymetrické medium [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2018.	cs
dc.identifier.other	114582	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/84985
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	osovo súmerná simulácia šírenia ultrazvuku	en
dc.subject	k-Wave	en
dc.subject	Vysoko-výkonné výpočty	en
dc.subject	paralelné výpočty	en
dc.subject	axisymmetric ultrasound propagation simulation	cs
dc.subject	k-Wave	cs
dc.subject	High Performance Computing	cs
dc.subject	parallel computing	cs
dc.title	Akcelerace ultrazvukových simulací pro axisymetrické medium	en
dc.title.alternative	Acceleration of Axisymetric Ultrasound Simulations	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2018-06-19	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:12:57	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	114582	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:27:52	en
sync.item.modts	2025.01.15 15:50:20	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Akcelerace ultrazvukových simulací pro axisymetrické medium

Files

Original bundle

Collections