but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Petr Šaloun, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " D ". Otázky u obhajoby: V rámci hledání vhodných parametrů procesu shlukování přidáváte k referenční sadě sekvencí i neklasifikovaná vstupní data. Dokázal by jste vysvětlit, v čem je tento postup výhodnější oproti použití samotné referenční sady? V rámci metodiky vytvoření negativní datové sady pro SVM klasifikátor používáte neklasifikovaná vstupní data, což snižuje její věrohodnost. Napadá vás způsob, jak negativní datovou sadu vytvořit pouze s využitím referenčních sekvencí miRNA?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Vogel, Ivan	cs
dc.contributor.author	Žigárdi, Tomáš	cs
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	cs
dc.date.created	2015	cs
dc.description.abstract	Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat).	cs
dc.description.abstract	This masters's thesis contains description of designed and implemented tool for classification of plant microRNA without genome. Properties of mature and star sequences in microRNA duplexes are used. Implemented method is based on clustering of RNA sequences (with CD-HIT) to mainly reduce their count. Selected representants from each clusters are classified using support vector machine. Performance of classification is more than 96% (based on cross-validation method using the training data).	en
dc.description.mark	D	cs
dc.identifier.citation	ŽIGÁRDI, T. Klasifikace malých nekódujících RNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2015.	cs
dc.identifier.other	88664	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/52305
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	malé nekódující RNA	cs
dc.subject	miRNA	cs
dc.subject	centrální dogma molekulární biologie	cs
dc.subject	CD-HIT	cs
dc.subject	next-generation sekvenování	cs
dc.subject	zhlukování sekvencí	cs
dc.subject	cross-validation	cs
dc.subject	support vector machine	cs
dc.subject	klasifikace rostlinných miRNA	cs
dc.subject	duplex	cs
dc.subject	small noncoding RNAs	en
dc.subject	miRNA	en
dc.subject	central dogma of molecular biology	en
dc.subject	CD-HIT	en
dc.subject	next-generation sequencing	en
dc.subject	sequences clustering	en
dc.subject	cross-validation	en
dc.subject	support vector machine	en
dc.subject	classification of plant miRNA	en
dc.subject	duplex	en
dc.title	Klasifikace malých nekódujících RNA	cs
dc.title.alternative	Classification of Small Noncoding RNAs	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2015-06-24	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:12:04	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	88664	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:20:10	en
sync.item.modts	2025.01.17 10:46:11	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Klasifikace malých nekódujících RNA

Files

Original bundle

Collections