Vyhledávání LTR retrotranspozonů v lidském genomu
Loading...
Date
Authors
Trott, Eduard
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
ORCID
Abstract
Cílem této práce je zpracování literární rešerše na téma vyhledávání LTR retrotranspozonů v lidském genomu. Práce popisuje možné problémy spojedné s danou tématikou a obsahuje implementaci nového vhodného algoritmu pro vyhledávání. Výsledky tohoto algoritmu, obsahující všechny nalezené LTRs byly statisticky porovnány s existujícími algoritmy pro vyhledávání nových retroelementů.
The goal of this thesis is to provide a literature review on methods for searching of LTR retrotransposons in the human genome. The thesis characterizes the potential problems related to a given topic and provides implementation of novel suitable searching algorithm. The result of algorithms containing all found LTRs were statistically compared with several existing tools for de novo identification of retroelements.
The goal of this thesis is to provide a literature review on methods for searching of LTR retrotransposons in the human genome. The thesis characterizes the potential problems related to a given topic and provides implementation of novel suitable searching algorithm. The result of algorithms containing all found LTRs were statistically compared with several existing tools for de novo identification of retroelements.
Description
Keywords
Citation
TROTT, E. Vyhledávání LTR retrotranspozonů v lidském genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
doc. RNDr. Ing. Jiří Šimurda, CSc. (místopředseda)
doc. MUDr. Iva Slaninová, Ph.D. (člen)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Ing. Marina Filipenská, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2016-06-15
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Maděránková, Ph.D. položila otázku - program je koncipován pro lidský genom. Šlo by to použít i pro jiný nebo by byla nutná modifikace?
Ing. Ronzhina položila otázku - porovnával jste svůj program s jinými známými. Jaký byl výsledek? v čem je to dáno že Váš program je úspěšnější v určitých částech? Výsledný formát GFF - k čemu se tento formát užívá?
Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena