but.committee	prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) Mgr. Eva Budinská, Ph.D. - oponentka (člen) prof. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D. - oponent (člen) doc. RNDr. Monika Dolejská, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Disertantka stručně představila zásadní výsledky práce, následně zodpověděla všechny dotazy oponentů i dotazy, které zazněly ve veřejné diskuzi.	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Biomedicínské technologie a bioinformatika	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Vítková, Helena	en
dc.contributor.author	Jakubíčková, Markéta	en
dc.contributor.referee	Budinská, Eva	en
dc.contributor.referee	Hrabák,, Jaroslav	en
dc.date.created	2023	cs
dc.description.abstract	Tato disertační práce je zaměřena na vytvoření nových výpočetních metod, které zvýší diskriminačních schopnost genotypizačních metod. Hlavní důraz je kladen na odlišení blízce příbuzných bakterií, které pocházejí například z jedné nemocnice či jednoho oddělení. V první části práce jsou popsány současné typizační metody a jsou představeny nové postupy pro identifikaci genetických markerů s vysokou mírou sekvenční variability, pomocí kterých lze lépe rozlišit bakteriální populaci. Navržené metody jsou založeny na výpočtu signálů entropie a analýze nenamapovaných čtení. Druhá část práce se zabývá návrhem nových metod zpracování surových dat z nanopórového sekvenování, které lze použít pro rychlou vysoce citlivou typizaci bakterií bez nutnosti převádět proudové signály na nukleotidové sekvence. Předložená práce přispívá ke zlepšení a zpřesnění rutinně používaných typizačních metod pomocí navržených bioinformatických postupů a představuje unikátní přístup využití doposud experimentální techniky nanopórového sekvenování pro rychlou genotypizaci a analýzu bakterií.	en
dc.description.abstract	This dissertation aims at developing new computational methods to increase the discriminatory power of genotyping methods. The main focus is on distinguishing closely related bacterial strains, e.g. from the same hospital or ward. The first part of the thesis describes current typing methods and new approaches to identify genetic markers with high levels of sequence variability that contribute to distinguishing bacterial populations better. The proposed methods are based on the entropy signal calculation and analysis of unmapped reads. The second part of the thesis deals with designing new methods for raw nanopore sequencing data processing; thus, it can be used for rapid high-sensitivity bacterial typing without the need to convert current signals into nucleotide sequences. Overall, this dissertation contributes to the improvement and refinement of routine typing methods by utilizing the proposed bioinformatics approaches and presenting a unique application for experimental nanopore sequencing in rapid genotyping and bacteria analysis.	cs
dc.description.mark	P	cs
dc.identifier.citation	JAKUBÍČKOVÁ, M. Pokročilé výpočetní metody pro zvýšení rozlišení genotypizačních metod [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.	cs
dc.identifier.other	151016	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/212484
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Typizace bakterií	en
dc.subject	celogenomové sekvenování	en
dc.subject	sestavování genomů	en
dc.subject	MLST	en
dc.subject	mini-MLST	en
dc.subject	nanopórové sekvenování	en
dc.subject	zpracování genomických signálů.	en
dc.subject	Bacterial typing	cs
dc.subject	whole genome sequencing	cs
dc.subject	genome assembly	cs
dc.subject	MLST	cs
dc.subject	mini-MLST	cs
dc.subject	nanopore sequencing	cs
dc.subject	genomic signal processing.	cs
dc.title	Pokročilé výpočetní metody pro zvýšení rozlišení genotypizačních metod	en
dc.title.alternative	Advanced Computational Methods for Increasing the Discriminatory Power of Genotyping Methods	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	doctoralThesis	en
dc.type.evskp	dizertační práce	cs
dcterms.dateAccepted	2023-06-27	cs
dcterms.modified	2023-06-30-15:11:16	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií	cs
sync.item.dbid	151016	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.27 12:11:00	en
sync.item.modts	2025.01.15 21:08:25	en
thesis.discipline	bez specializace	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství	cs
thesis.level	Doktorský	cs
thesis.name	Ph.D.	cs

Pokročilé výpočetní metody pro zvýšení rozlišení genotypizačních metod

Files

Original bundle

Collections