but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. William Steingartner, Ph.D. (člen) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " B ". Otázky u obhajoby: V technické zprávě naznačujete, že metoda dosahovala lepších výsledků pro datovou množinu s pouze kompletními záznamy. Neuvažoval jste o tom, provést trénování/testování Vašeho prediktoru pouze s touto datovou množinou (například pomocí křížové validace)?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Bendl, Jaroslav	cs
dc.contributor.author	Kadlec, Miroslav	cs
dc.contributor.referee	Burgetová, Ivana	cs
dc.date.created	2015	cs
dc.description.abstract	Tato práce se zabývá predikcí vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu. Cílem je vytvořit konsenzuální prediktor využívající výstupy vybraných existujících nástrojů za účelem zvýšení úspěšnosti predikce. Optimální konsenzus mezi těmito nástroji byl hledán s pomocí evolučních strategií (ES) ve třech variantách: evoluční strategie s pravidlem 1/5, varianta s autoevolucí typu 2 a metoda CMA-ES. Kvalita nalezených řešení byla následně testována na nezávislé datové sadě. Výsledky všech tří variant dosahovaly podobných přesností predikce, jako nejlepší byl vyhodnocen vektor vah nalezený ES s autoevolucí typu 2. Oproti samostatným prediktorům vykazovala konsenzuální metoda na trénovacích datech zlepšení Pearsonova korelačního koeficientu o 0,057. Na testovací sadě byl její přínos nižší (zlepšení o 0,040). Poměrně malý přínos k přesnosti predikcí na trénovací i testovací datové sadě byl způsoben tím, že pro některé záznamy se nepodařilo získat výsledky všech dílčích nástrojů. V případě vypuštění těchto záznamů přinesla konsenzuální metoda zlepšení Pearsonova korelačního koeficientu o 0,118.	cs
dc.description.abstract	This thesis is focused on predicting the impact of amino acid substitution on protein stability. The main goal is to create a consensual predictor that uses the outputs of chosen existing tools in order to improve accuracy of prediction. The optimal consensus of theese tools was designed using evolution strategies in three variants: 1/5 success rule, self-adaptation variant and the CMA-ES method. Then, the quality of calculated weight vectors was tested on the independent dataset. Although the highest prediction performance was attained by self-adaptation method, the differences between all three variants were not significant. Compared to the individual tools, the predictions provided by consensual methods were generally more accurate - the self-adaptation variant imporved the Pearson's corelation coeficient of the predictions by 0,057 on the training dataset. On the testing dataset, the improvement of designed method was smaller (0,040). Relatively low improvement of prediction performance (both on the training and the testing dataset) were caused by the fact, that for some records of testing dataset, some individual tools vere not able to provide their results. When omitting these records, consensual method improved the Pearson's corelations coeficient by 0,118.	en
dc.description.mark	B	cs
dc.identifier.citation	KADLEC, M. Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2015.	cs
dc.identifier.other	88515	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/52250
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Aminokyselinové mutace	cs
dc.subject	aminokyselinové substituce	cs
dc.subject	stabilita proteinu	cs
dc.subject	evoluční strategie	cs
dc.subject	proteinové predikce.	cs
dc.subject	Amino acid mutations	en
dc.subject	amino acid substitutions	en
dc.subject	protein stability	en
dc.subject	evolution strategy	en
dc.subject	protein predictions.	en
dc.title	Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinů	cs
dc.title.alternative	Prediction of Protein Stability upon Amino Acid Mutations Using Evolution Strategy	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2015-06-22	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:11:52	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	88515	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:19:25	en
sync.item.modts	2025.01.15 11:50:19	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinů

Files

Original bundle

Collections