but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. William Steingartner, Ph.D. (člen) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " B ". Otázky u obhajoby: Současná evaluační metrika odvozená od shody strukturního foldu se zdá býti důmyslně navržena. Zvažovali jste použití alternativních metrik? Dovedete odhadnout, jak by pak takové srovnání vypadalo? Na základě jakých parametrů výběru byl pro strukturní zarovnání zvolen program TM-align?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Martínek, Tomáš	cs
dc.contributor.author	Chlupová, Hana	cs
dc.contributor.referee	Bendl, Jaroslav	cs
dc.date.created	2015	cs
dc.description.abstract	Predikce a vyhledávání homologních sekvencí proteinů je jednou z řady důležitých oblastí, které jsou v současnosti řešeny v rámci bioinformatiky. Díky určení homologních sekvencí proteinů k hledanému neznámému proteinu je často možné zjistit jeho strukturu a funkci v organismu. Pro vyhledávání homologních sekvencí se často používají nástroje založené na přímém porovnávání sekvencí, další metody využívají profily vzniklé z vícenásobného zarovnání sekvencí nebo provádějí vyhledávání pomocí konstrukce skrytých Markovových modelů. Nejde však určit univerzální metodu, která by převyšovala ostatní. Pro maximální uspokojení požadavků týkajících se například požadované sekvenční identity a poměru správně nalezených a falešně označených homologů je nutné zvolit vhodný typ metody a jejích parametrů. Tato práce se zabývá vývojem nástroje, který na základě provedené analýzy různých metod a jejich nastavení určí, jakou metodu a její parametry by měl uživatel zvolit. Program pak umožňuje spuštění této metody a zobrazení jejich výsledků.	cs
dc.description.abstract	Prediction and searching for homologous protein sequences is one of important tasks which are currently being addressed in the area of bioinformatics. According to the determination of homologous sequences of unknown protein sequence it is often possible to determine its structure and function in the organism. For searching homologous sequences, the most frequently used tools are based on direct sequence comparison, profile comparison or on the use of hidden Markov models. There is no universal method better than all others. To satisfy user`s request on needed sequence identity between domains and error rate between founded true positive and false positive pairs, the selection of proper method and its settings is needed. This work is focused to create tool which will help user to choose the best method and its settings according to his requirements. It was created on the basis of the analysis of method results with different settings. In addition, the implemented application offers the possibility to run this method and show its results.	en
dc.description.mark	B	cs
dc.identifier.citation	CHLUPOVÁ, H. Predikce homologních sekvencí proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2015.	cs
dc.identifier.other	88626	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/52311
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	predikce homologních sekvencí	cs
dc.subject	skryté Markovovy modely	cs
dc.subject	HMM	cs
dc.subject	proteiny	cs
dc.subject	prediction of homology sequences	en
dc.subject	hidden Markov models	en
dc.subject	HMM	en
dc.subject	proteins.	en
dc.title	Predikce homologních sekvencí proteinů	cs
dc.title.alternative	Prediction of Homolog Protein Sequences	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2015-06-22	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:12:02	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	88626	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:20:15	en
sync.item.modts	2025.01.17 10:23:46	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Predikce homologních sekvencí proteinů

Files

Original bundle

Collections