but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. Vojtěch Mrázek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných, např. ohledně genové kompozice klasifikovaných bakterií, způsobu vyhodnocení kvality datové sady včetně použitých metrik a přístupu k trénování klasifikátoru. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B - velmi dobře . Otázky u obhajoby: Ve fázi trénování zjišťujete, s jakou přesností který gen rozlišuje danou taxonomickou skupinu. Při predikci tuto znalost ale využíváte jen nepřímo, tj. zařadíte nejlepší gen do množiny genů. Dal by se váš algoritmus upravit tak, aby zohlednil i přesnost jednotlivých genů? Např. použitím vhodného váhování sekvenční identity k různým genům? Velikost vaší datové sady (631 organismů) je omezena nutností znát sekvence všech osmi markerových genů. Jak velkou datovou sadu byste mohla získat, pokud byste pro predikci potřebovala pouze gen 16S rRNA?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Smatana, Stanislav	cs
dc.contributor.author	Pelantová, Lucie	cs
dc.contributor.referee	Hon, Jiří	cs
dc.date.accessioned	2020-08-29T01:59:51Z
dc.date.available	2020-08-29T01:59:51Z
dc.date.created	2020	cs
dc.description.abstract	Cílem této práce je návrh a implementace nové metody klasifikace bakterií podle sekvencí několika markerových genů. Pro řešení tohoto problému bylo zvoleno 10 markerových genů. Výsledný MultiGene klasifikátor dělí trénovací sadu do několika skupin a pro každou je vybrán gen dosahující nejlepších výsledků v jejím rozpoznání. V práci je popsána implementace MultiGene klasifikátoru a jeho otestování v porovnání s ostatními klasifikátory bakterií a s klasifikací čistě podle genu 16S rRNA.	cs
dc.description.abstract	The aim of this work is proposal of new method for bacteria classification based on sequences of marker genes. For this purpose was chosen 10 marker genes. Resulting MultiGene classifier processes data set by dividing it in several groups and choosing gene for each group which can distinguish this group with best results. This work describes implementation of MultiGene classifier and its results in comparison with other bacteria classifiers and with classification based entirely on gene 16S rRNA.	en
dc.description.mark	B	cs
dc.identifier.citation	PELANTOVÁ, L. Klasifikace bakterií pomocí markerových genů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2020.	cs
dc.identifier.other	129852	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/194970
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	metagenomika	cs
dc.subject	taxonomie	cs
dc.subject	16S rRNA	cs
dc.subject	markerové geny	cs
dc.subject	klasifikace bakterií	cs
dc.subject	mikrobiom	cs
dc.subject	metagenomics	en
dc.subject	taxonomy	en
dc.subject	16S rRNA	en
dc.subject	marker genes	en
dc.subject	bacteria classification	en
dc.subject	microbiome	en
dc.title	Klasifikace bakterií pomocí markerových genů	cs
dc.title.alternative	Bacteria Classification Based on Marker Genes	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2020-08-26	cs
dcterms.modified	2020-08-27-21:21:47	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	129852	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2021.11.12 20:14:24	en
sync.item.modts	2021.11.12 19:47:45	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Klasifikace bakterií pomocí markerových genů

Files

Original bundle

Collections