Porovnání eukaryotních genomů

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Petr Šaloun, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " A ". Otázky u obhajoby: V sekcii 3.4 popisujete nástroj RepeatExplorer a jednotlivé kroky analýzy. Z časti o identifikácii proteínových domén vyplýva, že nástroj funguje len na LTR retroelementy. Je možné ho použiť aj na iné typy repetitívnych sekvencií? Na odhad zastúpenia jednotlivých transpozónových rodín navrhujete dve sumarizačné metriky (vzťahy 6.2 a 6.3). Zhodnoťte, ako veľmi sa ich výsledky líšia na reálnych dátach.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programInformační technologiecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorMartínek, Tomášcs
dc.contributor.authorPuterová, Jankacs
dc.contributor.refereeVogel, Ivancs
dc.date.available2016-06-24cs
dc.date.created2015cs
dc.description.abstractHlavním motivem pro vznik této diplomové práce byla potřeba kvalitních bioinformatických nástrojů, které slouží na porovnávání genomů a vylepšení jednoho z existujících nástrojů - RepeatExplorer. Práce přináší přehled transposibilních elementů v DNA, existujících nástrojů určených pro identifikaci a analýzu repetic v nasekvenovaných genomech. V práci jsou popsány nedostatky nástroje RepeatExplorer se zaměřením na komparativní analýzu genomů. Byly navrženy a implementovány dvě řešení k odstranění těchto nedostatků. První řešení je určeno na porovnávání dvojic genomů. Princip tohoto řešení je založen na porovnávání podobnosti rozložení pokrytí contigů prostřednictvím Kolmogorov-Smirnova testu, díky čemu víme určiť rozdílné místa v genomech. Druhé řešení, které slouží k porovnávání více genomů, je založeno na metodě mapování readů porovnávaných genomů na contigy referenčního genomu a poskytuje grafy s pokrytím contigů, pomocí kterých víme určit variabilitu repetic. Funkčnost byla ověřena na reálných NGS datech organizmu Silene latifolia.cs
dc.description.abstractMain motive of this master thesis was the need of good bioinformatics tools for genome comparison and improvement of one of the existing tools - RepeatExplorer. This work offers an overview of transposable elements in DNA, existing tools for identification and analysis of repetitions in sequenced genomes, summary of currently used genome sequencing methods. This work describes shortcomings of RepeatExplorer tool with focus on comparative analysis of genomes. Two solutions to remove these problems were designed and implemented. The first solution is designed for comparing pairs of genomes. The principle of this solution is based on comparison of similarity of distribution of contigs coverages using Kolmogorov-Smirnov test, thanks to which we are able to determine different parts in the genomes.The second solution, which is used to compare multiple genomes, is based on the method of mapping reads from compared genomes to the reference genome contigs and provides contigs coverage graphs, by which we are able to determine the variability of the repeats.Their functionality was verified on real NGS data of organism Silene latifolia.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationPUTEROVÁ, J. Porovnání eukaryotních genomů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2015.cs
dc.identifier.other88547cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/64044
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsPřístup k plnému textu prostřednictvím internetu byl licenční smlouvou omezen na dobu 1 roku/letcs
dc.subjecttransposonycs
dc.subjectsekvenace nové generacecs
dc.subjectNGScs
dc.subjectLTRcs
dc.subjectrepeticecs
dc.subjectRepeatExplorercs
dc.subjectshlukovánícs
dc.subjectporovnávání genomůcs
dc.subjecttransposonsen
dc.subjectnext generation sequencingen
dc.subjectNGSen
dc.subjectLTRen
dc.subjectrepeaten
dc.subjectRepeatExploreren
dc.subjectclusteringen
dc.subjectgenomes comparisonen
dc.titlePorovnání eukaryotních genomůcs
dc.title.alternativeEucaryotic Genomes Comparisonen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2015-06-24cs
dcterms.modified2020-05-10-16:11:54cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
sync.item.dbid88547en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 15:20:54en
sync.item.modts2025.01.17 13:01:59en
thesis.disciplineBioinformatika a biocomputingcs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémůcs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
Posudek-Vedouci prace-17115_v.pdf
Size:
85.78 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek-Vedouci prace-17115_v.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
Posudek-Oponent prace-17115_o.pdf
Size:
126.31 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek-Oponent prace-17115_o.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
review_88547.html
Size:
1.43 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_88547.html
Download
Collections
2015