Optimalizace algoritmů pro vyhledávání triplexů v DNA
| but.committee | prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Vladimír Drábek, CSc. (místopředseda) doc. Ing. Radek Burget, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. Petr Schwarz, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A . Otázky u obhajoby: Je optimalizovaný algoritmus vhodný i pro vyhledávání potenciálních intermolekulárních triplexů? | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Martínek, Tomáš | cs |
| dc.contributor.author | Hon, Jiří | cs |
| dc.contributor.referee | Bendl, Jaroslav | cs |
| dc.date.created | 2013 | cs |
| dc.description.abstract | Současné studie naznačují, že triplexy hrají důležitou roli v mechanismech regulace transkripce, rekombinace DNA a mutageneze a mají proto velký význam pro biologii, biotechnologii a medicínu. Tato bakalářská práce optimalizuje nedávno publikovaný algoritmus pro vyhledávání potenciálních intramolekulárních triplexů na třech úrovních návrhu: uživatelské rozhraní, využití paměti a výpočetní náročnost. V úrovni uživatelského rozhraní byl algoritmus rozšířen o existující vizualizační funkce a transformován do podoby balíčku pro prostředí R/Bioconductor. Optimalizací využití paměti a cache procesoru v kombinaci s redukcí výpočtu na základě analýzy jeho stavu bylo dosaženo více než trojnásobného zrychlení oproti původní implementaci. | cs |
| dc.description.abstract | Triplex-forming DNA sequences have been implicated as important players in several key processes, such as transcriptional regulation, DNA recombination and mutagenesis, which emphasize their importance for biology, biotechnology and medicine. This bachelor thesis optimizes recently publicated dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences on three levels of design: user interface, memory usage and computation time. On the level of user interface, the algorithm was extended with existing visualization functions and rewritten into R/Bioconductor package. Memory usage optimization and processor cache analysis in combination with computation time reduction based on current computation state analysis lead to more than three times acceleration. | en |
| dc.description.mark | A | cs |
| dc.identifier.citation | HON, J. Optimalizace algoritmů pro vyhledávání triplexů v DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013. | cs |
| dc.identifier.other | 79268 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/54829 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | DNA | cs |
| dc.subject | triplex | cs |
| dc.subject | H-DNA | cs |
| dc.subject | vyhledávání | cs |
| dc.subject | identifikace | cs |
| dc.subject | vizualizace | cs |
| dc.subject | optimalizace | cs |
| dc.subject | R | cs |
| dc.subject | Bioconductor | cs |
| dc.subject | DNA | en |
| dc.subject | triplex | en |
| dc.subject | H-DNA | en |
| dc.subject | searching | en |
| dc.subject | identification | en |
| dc.subject | visualization | en |
| dc.subject | optimization | en |
| dc.subject | R | en |
| dc.subject | Bioconductor | en |
| dc.title | Optimalizace algoritmů pro vyhledávání triplexů v DNA | cs |
| dc.title.alternative | Optimization of Algorithms for Triplex Detection | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | bachelorThesis | en |
| dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2013-06-13 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-10-16:11:08 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 79268 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.18 17:58:08 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 17:06:21 | en |
| thesis.discipline | Informační technologie | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů | cs |
| thesis.level | Bakalářský | cs |
| thesis.name | Bc. | cs |