Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů v sekvencích DNA. V první části je popsán proces transkripce DNA, význam transkripčních motivů a je uveden přehled databází transkripčních motivů. Druhá část obsahuje rozdělení algoritmů pro vyhledávání transkripčních motivů a detailně popisuje sedm existujících algoritmů. V praktické části byly vytvořeny funkce pro analýzu podle algoritmu Oligo-Analysis. Vytvořené funkce byly validovány na uměle vytvořených sekvencích s vnesenými motivy. Dále byla provedena analýza dvou rodin koregulovaných genů a výsledky porovnány s hodnotami, kterých dosáhli autoři algoritmu Oligo-Analysis.
This bachelor thesis deals with finding transcription motifs in DNA sequences. The first part describes the DNA transcription process, the significance of transcription motifs and provides an overview of transcription motif databases. The second part contains the classification of transcription motif finding algorithms, and details seven existing algorithms. In the practical part, functions for the analysis according to the Oligo-Analysis algorithm were created. Created functions were validated on the artificially created sequences with introduced motifs. The analysis of two families of coregulated genes was realized and the results were compared with the values achieved by the authors of the Oligo-Analysis algorithm.
This bachelor thesis deals with finding transcription motifs in DNA sequences. The first part describes the DNA transcription process, the significance of transcription motifs and provides an overview of transcription motif databases. The second part contains the classification of transcription motif finding algorithms, and details seven existing algorithms. In the practical part, functions for the analysis according to the Oligo-Analysis algorithm were created. Created functions were validated on the artificially created sequences with introduced motifs. The analysis of two families of coregulated genes was realized and the results were compared with the values achieved by the authors of the Oligo-Analysis algorithm.
Description
Citation
PEŘINOVÁ, B. Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)
Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen)
MUDr. Kateřina Fialová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2015-06-17
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení