Interpretace dat z biočipů

Abstract

Tato práce se zabývá interpretací dat získaných pomocí technologie biočipů. Práce obsahuje také krátký úvod do problematiky genetické informace a jejího významu. Jádrem práce je pak sada skriptů provádějící analýzy nad testovacími daty. Jako vstupní data jsou použity výstupy biočipové analýzy tkání s rakovinou tlustého střeva. Dílčí výsledek je určení genových markerů rakoviny tlustého střeva. Finální výsledek určuje postavení markerů v kontextu objevených signálních drah, ty jsou nakonec seřazeny dle relevance.This Bachelor thesis explains the basics of biochip or microarray data interpretation, starting with short introduction to genetics, especially genetic information significance evaluating. The focus was set mainly on the set of scripts transforming and analyzing the sample data. The data used in this thesis are a result of biochip analysis of the Colon Tumor tissues. The secondary result represents disclosing the main marker for this particular type of cancer, the primary result is evaluation of marker significance in the context of signaling pathways. The resulting pathways are sorted by relevance.